Brote de COVID-19 en Mauricio dominado por la nueva variante B.1.1.318 del SARS-CoV-2


Subrayando el papel clave de la vigilancia genómica para controlar la propagación del SARS-CoV-2, un nuevo medRxiv* La preimpresión muestra cómo una nueva variante llamada B.1.1.318 alcanzó el dominio en el pequeño país insular de Mauricio, en el Océano Índico.

Reportado por primera vez por Public Health England, esta cepa fue introducida en Mauricio por un solo pasajero, además de otros pasajeros que transportaban COV Beta (B.1.351) y Alpha (B.1.1.7). Causó un segundo brote aquí, dominando 154 secuencias que comprendían poco más de una décima parte de todas las infecciones.

Estudio: Una variante nueva y en expansión del SARS-CoV-2, B.1.1.318, domina las infecciones en Mauricio.  Haber de imagen: joshimerbin / Shutterstock

Fondo

Desde el comienzo de la pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), causada por el patógeno SARS-CoV-2, la vigilancia genómica ha ayudado a rastrear la aparición y propagación de nuevas variantes en todo el mundo. Los genomas secuenciados se cargan en plataformas de acceso abierto como la Iniciativa Global para Compartir Todos los Datos de Influenza (GISAID), que ya contiene más de 1.6 millones de secuencias casi completas.

La vigilancia genómica activa permitió la identificación temprana de tres variantes preocupantes (COV) del SARS-CoV-2, Alpha (B.1.1.7) (8), Beta (501Y.V2 / B.1.351) (9) y Gamma (P .1). Estos portan múltiples mutaciones en el gen de la espiga que alteran la proteína, reduciendo así su susceptibilidad al reconocimiento por anticuerpos anti-espiga o confiriéndole transmisibilidad o mayor patogenicidad.

Los patrones de viajes mundiales por aire han contribuido enormemente a la presencia rápida y generalizada de la propagación viral. Si bien la mayoría de los países cerraron sus fronteras luego del impacto de la primera ola, el segundo brote de controversia sobre la necesidad de restricciones y cuarentena de los viajeros fue provocado por la identificación de COV.

La historia de la primera ola en Mauricio

Mauricio tiene solo 1,2 millones de habitantes y experimentó una pequeña primera ola en marzo de 2020. Ya requería cuarentenas de 14 días para todos los viajeros que ingresaran desde países de alto riesgo. La identificación de los primeros casos llevó a la implementación de un estricto bloqueo y cierre de todos los puntos de entrada al país.

Este brote fue controlado por unos 340 países. Las prohibiciones de viaje finalmente se relajaron el 1 de octubre de 2020, sujetas a cuarentenas supervisadas de 14 días y pruebas de todos los pasajeros entrantes mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT PCR) antes de que se les permita ingresar a la comunidad en general.

Una vez que se recogieron los COV, se restringieron los viajeros que venían directamente del Reino Unido y Sudáfrica. Un año después de la primera ola, en marzo de 2021, se detectó un segundo grupo local de casos, seguido de más de 650 casos locales. Pruebas estrictas, seguimiento de contactos y el aislamiento de casos llevó al control de esta ola.

Después del levantamiento de la prohibición de viajar, las variantes beta de África y Europa, y de la variante alfa de Europa, se secuenciaron seis y dos veces, respectivamente. Otros genomas secuenciados incluyeron uno A.23.1, tres del linaje B.1.177.4 y dos del linaje B.1.36. Sin embargo, ninguno de estos se extendió a la comunidad.

La segunda ola

El primer caso local real que marcó el inicio de la segunda ola se informó el 5 de marzo de 2021. Luego se identificaron varios entornos domésticos, laborales y de instalaciones de atención médica, seguidos del segundo cierre el 9 de marzo de 2021. Secuenciación de 120 casos de la segunda ola, repartidos por las zonas afectadas, mostró que todos pertenecían al linaje variante B.1.1.318.

Esto se define por 14 mutaciones de picos. Varias de ellas, como las mutaciones que evitan el sistema inmunitario E484K, Y144del y probablemente T95I, y la P681H que promueve la transmisibilidad, son compartidas por las variantes alfa y / o beta. Dado que todas estas mutaciones definitorias también están evolucionando, los científicos concluyeron que la segunda ola fue el resultado de una sola introducción de B.1.1.318.

La introducción en Mauricio parece haber sido a mediados de febrero de 2021, procedente de Europa. Aunque el país impidió la introducción de variantes alfa y beta de rápida propagación después de levantar las prohibiciones de viaje, a pesar de su identificación en varios viajeros en cuarentena, estas medidas permitieron que esta variante ingresara, solo una vez, y esto provocó un brote local considerable.

El punto de entrada por el cual se introdujo esta cepa en la comunidad desde el sistema de cuarentena de viajeros aún no se ha identificado y puede seguir siéndolo si fuera el resultado del tránsito a través de centros de viaje, ya que los países que han informado de los parientes más cercanos de esta variante fueron cerrado a Mauricio en febrero.

¿Cuáles son las implicaciones?

Ningún otro país ha informado de esta variante como responsable de la mayoría de los casos. Aún así, ha contribuido a una quinta parte de las secuencias de Gabón, en África, y al 7% de las secuencias de Togo. Además, se ha informado repetidamente desde el Reino Unido, Estados Unidos, Alemania e Irlanda, desde el comienzo de la pandemia.

Los resultados sugieren que esta variante surgió en Nigeria en diciembre de 2020, se extendió a través de múltiples introducciones en Europa el mes siguiente, seguida de transmisión comunitaria. De manera similar, se introdujo en América del Norte el mismo mes, nuevamente de viajeros de África, con presentaciones repetidas de Europa durante los dos meses siguientes. Se introdujo en Asia a fines de enero de 2021, pero no parecía haberse extendido más. Este linaje pudo desplazar con éxito otras variantes solo en Mauricio y en Grecia hasta ahora. Por tanto, es importante comprender la biología del virus responsable de este fenómeno.

Las cuatro mutaciones de pico definitorias en esta variante son todas adaptativas, habiendo surgido bajo presiones de selección positivas. Algunos de estos pueden provocar el escape de anticuerpos pero sin obstaculizar la vacuna. eficacia. Otros, como la mutación P681H, pueden afectar la transmisibilidad viral.

Los investigadores escriben:

En conclusión, la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 en Mauricio demostró una segunda ola dominada por una VUI, a pesar de que las pruebas de PCR y la cuarentena previnieron eficazmente la transmisión local de otras variantes. Este informe también destaca la necesidad de una vigilancia genómica continua para comprender completamente la dinámica de transmisión de la VUI en Mauricio.. “

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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