Casos de COVID-19 importados responsables de la propagación de las variantes del SARS-CoV-2 del Reino Unido y Brasil en Italia


Con más de 2.7 millones de muertes reportadas hasta ahora, la pandemia de la enfermedad del nuevo coronavirus 2019 (COVID-19) ha tenido un impacto enorme en el mundo. Entre los más de 117 millones de casos que se han documentado hasta ahora, se sabe que casi el 80% ocurrieron durante la segunda ola de la epidemia, entre septiembre de 2020 y marzo de 2021, con solo unos 25 millones asociados con la primera ola.

Una nueva preimpresión, lanzada en el medRxiv* servidor, examina una de las principales consecuencias de la segunda ola de infección por COVID-19, a saber, la rápida aparición de nuevos linajes y variantes virales.

Estudio: Aparición y propagación de los linajes B.1.1.7 y P.1 del SARS-CoV-2 en Italia.  Haber de imagen: joshimerbin / Shutterstock

Variantes de preocupación

Esto incluye las tres variantes de interés (COV), a saber, B.1.1.7, B.1.351 y P.13. También se denominan variantes del Reino Unido, Sudáfrica y Brasil, respectivamente, debido al lugar donde se detectaron por primera vez.

El primero se detectó en el Reino Unido a fines de septiembre de 2021 y tiene 17 variantes genéticas en diferentes partes del genoma, incluido el gen de la espiga. Algunas alteraciones importantes en el pico incluyen la mutación N501Y y una deleción en las posiciones 69 y 70.

Las variantes sudafricana y brasileña tienen la mutación N501Y, pero también contienen la mutación E484K.

En todos los casos, estos han mostrado una mayor transmisibilidad, reemplazando linajes más antiguos en sus regiones de origen y extendiéndose rápidamente por los continentes. La posibilidad de una resistencia relativa a los anticuerpos provocados por los linajes más antiguos también es real, lo que puede permitir la reinfección y alejar aún más el final de la pandemia.

Esta resistencia también puede extenderse a los anticuerpos inducidos por vacunas. Estas razones hacen que sea obligatorio monitorear el surgimiento de nuevos linajes de SARS-CoV-2 con gran alerta.

Bloqueo en Italia

Los primeros casos de SARS-CoV-2 en Italia se notificaron en enero de 2020, y el brote progresó rápidamente a un pico a fines de marzo, cuando se notificaban más de 6.500 casos cada día. En respuesta, Italia abrió el camino en Europa al implementar un bloqueo nacional el 9 de marzo de 2020, que duró nueve días.

La primera ola quedó eclipsada por la segunda ola, que golpeó en septiembre de 2020. Durante este período, a mediados de noviembre de 2020 hubo alrededor de 40,000 casos por día.A fines de la primera semana de marzo de 2021, más de 3 millones de casos y más sólo en Italia se han registrado más de 100.000 muertes.

Esto es a pesar de la introducción de restricciones codificadas por colores sobre la movilidad social. Dado que a las regiones se les asignaron colores del amarillo al rojo, los viajeros entre tales regiones estaban sujetos a restricciones correspondientemente más estrictas.

Estas barreras se incrementaron aún más en toda Italia en previsión de las celebraciones de Navidad y Año Nuevo. Las escuelas y restaurantes también se cerraron desde el 21 de diciembre de 2020 hasta el 6 de enero de 2021. Un día antes de que entraran en vigor, se cerraron los viajes aéreos entre Italia y el Reino Unido, y esto también se extendió a Brasil a partir del 16 de enero. 2020.

Detalles del estudio

El estudio actual tuvo como objetivo explorar el papel desempeñado por los viajeros que importaron el virus del extranjero a la comunidad local, seguido de la propagación comunitaria. El estudio incluyó más de 6.500 secuencias virales recopiladas entre el 29 de enero de 2020 y el 1 de marzo de 2021.

Los investigadores observaron más de cien linajes separados, de los cuales la variante del Reino Unido constituía más de un tercio. Otros linajes encontrados en altas frecuencias incluyeron B.1.177 (24%), B.1 (11%) y B.1.1.74 (5%).

Dado que la secuenciación del genoma viral se inició relativamente tarde, la mayoría de los linajes del norte de Italia provienen de la primera ola de la pandemia en Italia de marzo a mayo de 2020 y de enero a marzo de 2021, a diferencia de los del centro y sur de Italia.

¿Cuáles fueron los resultados?

Los resultados muestran que tanto B.1 como B.1.1.74 surgieron a principios de 2020 en Italia, pero luego fueron reemplazados por B.1.177 hacia la última parte del año. B.1 apareció en el norte, centro y sur de Italia en un período de una semana a partir del 20 de febrero de 2020 y el 24 de febrero de 2020, respectivamente.

Los niveles bajos de B.1.1.74 persistieron en las dos últimas regiones hasta el final del período de estudio, pero no en el norte de Italia después del 27 de mayo de 2020.

El linaje B.1.1.74 apareció el 13 de agosto de 2020 en el norte de Italia, seguido rápidamente por las otras dos regiones.

Inusualmente, ciertos linajes fueron muestreados a niveles excesivos en regiones específicas en días particulares. En particular, se encontraron más de cien linajes B.1.177 en Campania, en el sur de Italia, en un día de octubre, y 42 secuencias B.1.1.187 en un día de junio.

Este último se ha encontrado en otros lugares solo en 14 muestras del Reino Unido y una muestra japonesa, además de las 81 muestras italianas secuenciadas hasta ahora, de las cuales más de la mitad eran del mismo día.

El VOC del Reino Unido

De los COV, la variante del Reino Unido era, con mucho, la dominante en la fecha del estudio, el 8 de marzo de 2021, con más de 2.100 muestras, seguida de unas 110 de Brasil y solo ocho muestras sudafricanas de las tres regiones.

La variante del Reino Unido surgió en cinco días en las tres áreas. Los investigadores señalan que la variante del Reino Unido parece haber sido introducida de forma independiente en el país por varios viajeros, con los correspondientes clados de transmisión dentro del país: cadenas de transmisión extendidas.

Aproximadamente el 80% de estos clados se limitaron a áreas específicas. Uno de esos clados comprendía más de cien muestras de individuos infectados, todos del sur de Italia.

Nuevamente, el 80% de los clados restantes se distribuyeron en dos regiones, y solo se encontró uno en las tres. En el último escenario, el 80% del clado muestreado provino de una sola área y solo unos pocos de las otras dos regiones.

Seis clados tenían una mezcla más equitativa entre las regiones, como una cadena de 35 infecciones, que comprende 10, 12 y 13 del norte, centro y sur de Italia, respectivamente. “En particular, este es el único ejemplo de transmisión prolongada entre áreas macro para este período de tiempo.. “

El COV de Brasil

La secuencia de Brasil se detectó en el centro de Italia el 7 de enero de 2021 en tres viajeros que regresaron a Brasil. El siguiente aislamiento se produjo solo después de un intervalo de dos semanas en el norte de Italia y después de otras tres semanas en el sur de Italia.

Las secuencias del 7 de enero fueron distintivas debido a la presencia de una sola mutación sinónima T-> C en el polipéptido viral ORF1ab. Casi todas las secuencias P.1 de Italia formaron un solo clado, además de diez de Alemania.

De estas 104 secuencias, 61 formaron otro clado con una mutación de pico sinónima adicional, mientras que 43 tenían una mutación de pico no sinónima S813N. A diferencia de las mutaciones E484K y N501Y, esta última no se encuentra en el dominio de unión al receptor (RBD) del pico, sino entre los dos péptidos de fusión.

La primera vez que se detectó esta mutación fue el 13 de enero de 2021 en el centro de Italia, mientras que la última hasta ahora fue el primero de marzo. Aún no se ha encontrado en ninguna muestra secuenciada del norte de Italia.

El COV sudafricano

Solo se encontraron ocho secuencias pertenecientes al linaje B.1.351, y cinco de ellas se encuentran dispersas en el rango de clados secuenciado globalmente. Esto confirma múltiples presentaciones independientes por parte de los viajeros. Sin embargo, también se descubrió que algunos eran parte de una cadena de transmisión local.

¿Cuáles son las implicaciones?

Los investigadores señalan el patrón obvio del ascenso al dominio del linaje B.1.177 durante la segunda ola, mientras que recientemente, la variante del Reino Unido se está extendiendo rápidamente, para convertirse en la secuencia más frecuente, obtenida en más de la mitad de las muestras obtenidas durante el mes de enero. y febrero de 2021.

El bloqueo ha limitado la transmisión del virus entre las regiones central, sur y norte de Italia, pero no dentro de ellas. Aunque la dirección de propagación es difícil de decir, se han introducido diferentes linajes en una semana en las tres regiones, lo que indica múltiples introducciones independientes.

El COV de Sudáfrica no parece haberse establecido en Italia hasta ahora, pero los otros dos COV están mostrando transmisión comunitaria. Es probable que el VOC del Reino Unido pronto sea la cepa dominante al ritmo actual de propagación. Esto concuerda con su conocida transmisibilidad mejorada, que ya ha llevado a su dominio en varios países de Europa, como Dinamarca.

Curiosamente, el COV de Brasil se encuentra con una frecuencia relativamente alta en Italia, solo superada por Brasil, de hecho. En particular, se secuenció por primera vez en Manaus, Brasil, en una región donde tres de los cuatro habitantes ya habían sido infectados durante la primera ola. Esto sugiere que es resistente a los anticuerpos existentes y provoca una reinfección con el SARS-CoV-2.

Los hallazgos de este estudio con respecto a la VOC de Brasil indican una única introducción en Italia, con una vigorosa difusión de la comunidad a partir de entonces, e incluso quizás a Alemania. El hecho de que tanto los COV del Reino Unido como de Brasil obtuvieran entrada antes del cierre de las fronteras internacionales con estos países muestra la necesidad esencial de un rápido despliegue mundial de vacunas para contener la pandemia de manera efectiva.

El rápido surgimiento y reemplazo de nuevos linajes en Italia a pesar de la restricción de bloqueo impuesta [suggests] que las políticas de manejo de enfermedades empleadas fueron insuficientes para detener la propagación de variantes emergentes. “

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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