¿Cuáles son los orígenes naturales del SARS-CoV-2?


Más de un año desde la aparición del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el agente etiológico de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), los orígenes exactos de este nuevo virus siguen siendo un misterio, sin un progenitor animal claro. o anfitrión intermediario confirmado.

Inicialmente se pensó que un patógeno zoonótico (derivado de animales), el SARS-CoV-2, se había extendido a los huéspedes humanos a través de un “mercado húmedo” en Wuhan, China, donde se detectó por primera vez en diciembre de 2019.

Estudio: Explorando los orígenes naturales del SARS-CoV-2.  Haber de imagen: slowmotiongli / Shutterstock

Las muestras ambientales del mercado de mariscos de Huanan en el distrito de Jianghan de la ciudad de Wuhan mostraron evidencia de infecciones en humanos. Sin embargo, estudios de casos posteriores no han encontrado vínculos con este mercado. Esto sugiere que puede que no haya sido la “zona cero” del contagio del SARS-CoV-2.

Una idea temprana fue que los pangolines, que se venden y consumen ampliamente en China, pueden haber sido el huésped intermediario que facilitó el salto del SARS-CoV-2 a los humanos. Esto se planteó como hipótesis sobre la base de que los pangolines suelen ser reservorios de coronavirus. Sin embargo, investigación posterior no ha corroborado esto.

Además, la reciente identificación de los parientes más cercanos conocidos del SARS-CoV-2 en muestras de murciélagos de herradura en la provincia de Yunnan, que se encuentra aproximadamente a 1.500 km de Wuhan, y también en Camboya y Japón, sugieren que estos patógenos derivados de animales han estado circulando entre las especies de murciélagos mucho más tiempo de lo que se pensaba anteriormente, en grandes zonas geográficas de China y más allá.

Sin embargo, lo que los estudios han establecido hasta ahora es que el SARS-CoV-2 es un miembro del subgénero Sarbecovirus de Betacoronavirus que se observa en los hospedadores de murciélagos de herradura de la familia. Rhinophilidaey un linaje hermano de SARS-CoV, que causó el brote de SARS en 2002-2003.

Ahora, un equipo de investigadores del Reino Unido y China realizó un análisis exhaustivo de los sarbecovirus de murciélago herradura y pangolín. Los hallazgos de su estudio se han publicado en el bioRxiv* servidor de preimpresión.

Análisis de sarbecovirus de murciélago de herradura y pangolín

Los investigadores se centraron en un grupo más amplio de sarbecovirus ‘nCoV’ que se agrupan filogenéticamente con el SARS-CoV-2 e involucraron el análisis de detección de recombinación de la alineación del genoma de todos los sarbecovirus disponibles. El equipo identificó 16 puntos de corte de recombinación que pueden ayudar a dividir la alineación en 17 regiones genómicas putativamente no recombinantes a partir de las cuales se puede determinar la historia evolutiva del virus.

Para caracterizar los patrones de recombinación entre virus del mismo clado que el SARS-CoV-2 y los del mismo clado que el SARS-CoV, los investigadores clasificaron cada virus en cada una de las 17 regiones como pertenecientes al clado nCoV o no Clado nCoV (que estará más cerca del SARS-CoV).

Vincular el sarbecovirus relacionado con el SARS-CoV-2 con la geografía y los rangos de hospedadores.  El análisis de recombinación en una alineación del genoma completo de 69 sarbecovirus identificó 16 puntos de corte de recombinación (A), ver métodos.  La cuarta región se utilizó para un análisis de reloj molecular (consulte la escala debajo del árbol filogenético) y la edad media de los nodos se presenta para dos nodos clave que incluyen intervalos HPD del 95%;  un conjunto representativo de 32 virus se muestra en el árbol filogenético.  Para ilustrar los patrones de recombinación entre virus del mismo clado que el SARS-CoV-2 y los de otros clados del árbol, atribuimos cada región de cada virus a estar en el clado nCoV (el clado SARS-CoV-2 es encontrado en, rosa) o el clado no nCoV (más cercano al SARS-CoV, azul).  El tono de color corresponde a la distancia genética, ver clave.  El 'grupo GX' (asterisco) incluye cinco virus muestreados en pangolines de Sunda en Guangxi (P1E, P2V, P4L, P5E, P5L; consulte la Tabla S1).  Se muestra un mapa de China (B) con los colores correspondientes a las regiones en las que se han muestreado los sarbecovirus: azul, el clado no nCoV y rosa, el clado nCoV.  Los símbolos corresponden a las provincias en las puntas de los árboles en A. Rangos de hospedadores de cuatro hospedadores potenciales del ancestro proximal del SARS-CoV-2 (C);  varía de Smith y Xie (2013).

Vincular el sarbecovirus relacionado con el SARS-CoV-2 con la geografía y los rangos de hospedadores. El análisis de recombinación en una alineación del genoma completo de 69 sarbecovirus identificó 16 puntos de corte de recombinación (A), ver métodos. La cuarta región se utilizó para un análisis de reloj molecular (consulte la escala debajo del árbol filogenético) y la edad media de los nodos se presenta para dos nodos clave que incluyen intervalos HPD del 95%; un conjunto representativo de 32 virus se muestra en el árbol filogenético. Para ilustrar los patrones de recombinación entre virus del mismo clado que el SARS-CoV-2 y los de otros clados del árbol, atribuimos cada región de cada virus a estar en el clado nCoV (el clado SARS-CoV-2 es encontrado en, rosa) o el clado no nCoV (más cercano al SARS-CoV, azul). El tono de color corresponde a la distancia genética, ver clave. El ‘grupo GX’ (asterisco) incluye cinco virus muestreados en pangolines de Sunda en Guangxi (P1E, P2V, P4L, P5E, P5L; consulte la Tabla S1). Se muestra un mapa de China (B) con los colores correspondientes a las regiones en las que se han muestreado los sarbecovirus: azul, el clado no nCoV y rosa, el clado nCoV. Los símbolos corresponden a las provincias en las puntas de los árboles en A. Rangos de hospedadores de cuatro hospedadores potenciales del ancestro proximal del SARS-CoV-2 (C); varía de Smith y Xie (2013).

El consumo de carne provocó alteraciones ecológicas en la transmisión del SARS-CoV-2 a los seres humanos

El trabajo confirmó que Rhinolophus affinis sigue siendo la especie de reservorio probable, ya que su rango se extiende por el centro y sur de China, lo que explica los recombinantes de sarbecovirus de murciélago en el oeste y este de China, los recombinantes de sarbecovirus de murciélago vinculados al sur de China y las infecciones de pangolín traficadas. Dado que los cambios en el consumo de carne provocaron perturbaciones ecológicas, provocaron la transmisión del SARS-CoV-2 a los seres humanos a través del contacto directo o indirecto con la vida silvestre, y la posterior aparición en Hubei, China central.

Según los autores, la única forma de encontrar al progenitor animal del SARS-CoV-2 y el paradero de sus parientes cercanos es aumentando la intensidad del muestreo. Vale la pena señalar que los parientes cercanos del SARS-CoV-2 también pueden tener potencial pandémico y representar una amenaza similar de emergencia en animales y población humana.

La susceptibilidad de Pangolin a un coronavirus humano aparentemente nuevo no es sorprendente dada la naturaleza generalista bien documentada del SARS-CoV-2, que se ha encontrado que se transmite fácilmente a múltiples mamíferos con receptores ACE2 similares y presenta un grave riesgo de zoonosis inversa, como se ha hecho anteriormente. se ha visto más notablemente con transmisiones de humano a visón “.

La necesidad de un mayor muestreo

Los datos actualmente disponibles muestran una historia compleja detrás de la evolución natural del SARS-CoV-2, impulsada por la co-circulación de coronavirus relacionados durante el último siglo en poblaciones de murciélagos en el este, oeste, centro y sur de China. Múltiples eventos de recombinación evidentes en los genomas de virus muestreados de diferentes hospedadores de murciélagos en varias partes de China indican un movimiento constante de estos virus debido a las diferentes poblaciones de murciélagos que los llevan.

Dada la realidad del contacto frecuente entre humanos y animales, la caracterización rutinaria de las infecciones respiratorias parecería una precaución sensata para prevenir la aparición futura de sarbecovirus “.

Toda la evidencia disponible indica el requerimiento de un reservorio con un rango geográfico amplio, como los murciélagos de herradura chinos. Si bien el estudio presenta evidencia de R. affinisEs importante destacar que hay al menos 20 especies diferentes de Rhinolophus en China. Además, dado que los sarbecovirus son de naturaleza generalista, los animales salvajes o de granja, como los visones, también podrían facilitar la transmisión del virus de los murciélagos a los humanos.

El riesgo de aparición futura de una nueva cepa de nCoV del SARS-CoV-2 es demasiado alto para restringir las estrategias de muestreo ”, advierten los investigadores.

*Noticia importante

bioRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

.



Source link