El NCI otorga más de $ 4.2 millones para lanzar el recurso de análisis y base de datos de epítopos de cáncer



Los investigadores están a punto de dar la bienvenida a una nueva ventanilla única para obtener información crucial sobre cómo el sistema inmunológico ataca los cánceres. El Instituto Nacional del Cáncer (NCI) de los Institutos Nacionales de Salud ha otorgado más de $ 4.2 millones para lanzar la Base de datos y el recurso de análisis de epítopos del cáncer (CEDAR), dirigido por los profesores del Instituto La Jolla de Inmunología (LJI) Alessandro Sette, Dr. Biol. Sci. Y Bjoern Peters, Ph.D.

Estamos agradecidos de que el Instituto Nacional del Cáncer haya reconocido la necesidad de este tipo de infraestructura para impulsar la investigación en el campo.. “

Bjoern Peters, Instituto de Inmunología de La Jolla

Las inmunoterapias contra el cáncer, que consisten en vacunas o inhibidores del bloqueo de puntos de control, liberan las células T del sistema inmunológico para encontrar y destruir las células cancerosas. La estrategia ha demostrado ser eficaz en algunos pacientes, pero muchos cánceres aún evaden las terapias.

Con CEDAR, los investigadores tendrán una base de datos gratuita y de fácil búsqueda de posibles objetivos del sistema inmunológico en una amplia gama de células cancerosas. Es importante destacar que cualquier científico del mundo podrá contribuir con sus datos, que serán seleccionados por un equipo dedicado de LJI.

“CEDAR es un importante paso adelante para todos los que trabajan en inmunoterapia contra el cáncer”, dice Sette. “Ha habido, en los últimos años, una explosión de interés y progreso en el campo de la inmunoterapia del cáncer con los inhibidores del bloqueo de puntos de control, y un renovado entusiasmo por las vacunas personalizadas contra el cáncer basadas en mutaciones particulares que ocurren en cada paciente con cáncer. necesidad real de un recurso centralizado que integre todos estos nuevos datos y experimentos “.

Para el Instituto Nacional del Cáncer, CEDAR es un hito importante para el programa de Tecnología Informática para la Investigación del Cáncer, un esfuerzo lanzado en 2012.

“El Instituto Nacional del Cáncer está trabajando para fomentar el desarrollo de recursos informáticos para apoyar la investigación del cáncer en todos los ámbitos”, dice Jerry Li, MD, Ph.D., Director de Programa de la División de Biología del Cáncer, Biología Estructural y Aplicaciones Moleculares del Instituto Nacional del Cáncer. Rama.

El profesor de LJI Stephen Schoenberger, Ph.D., miembro del Centro de Inmunoterapia del Cáncer del Instituto, ha abogado por el lanzamiento de una base de datos de inmunología del cáncer centralizada como CEDAR. Él dice que el nuevo recurso ayudará a los científicos a predecir y validar qué neoantígenos del cáncer son importantes para atacar en pacientes individuales.

“Creo que CEDAR demostrará ser un recurso invaluable para la comunidad de investigadores interesados ​​en conocimientos básicos sobre la inmunobiología del cáncer, así como para los médicos interesados ​​en una focalización más eficaz de los tumores”, dice Schoenberger.

Aprovechando la experiencia de LJI

Sette y Peters tienen experiencia en reunir a investigadores para un proyecto de esta escala. En 2003, la pareja lanzó la base de datos de epítopos inmunes (IEDB), que está financiada por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID). El IEDB alberga una gran cantidad de datos bien seleccionados sobre las amenazas para la salud desde el VIH hasta el SARS-CoV-2.

“La IEDB ha estado curando epítopos relacionados con autoinmunidad, alergia, enfermedades infecciosas y trasplantes, pero no habíamos integrado una dimensión de cáncer”, dice Sette.

Peters dice que el equipo de LJI aplicará la experiencia y los algoritmos que desarrollaron para el IEDB, y los años de comentarios de los usuarios, para fortalecer CEDAR.

“Poner en marcha el mismo esfuerzo para el cáncer que hemos hecho para los hallazgos del sistema inmunológico en el IEDB es realmente un gran avance”, agrega Peters. “Será genial tener estos recursos bajo el mismo techo”.

“Nos complace ver que el proyecto CEDAR puede aprovechar esa base de datos y la experiencia de los investigadores”, agrega Li.

El Instructor de LJI Zeynep Ko? Alo? Lu-Yalç? N, Ph.D., y la Gerente de Proyectos de LJI, Nina Blazeska, están trabajando para poner en marcha CEDAR.

Ko? Alo? Lu-Yalç? N lidera el equipo de desarrollo de herramientas, que establecerá herramientas computacionales para analizar y predecir epítopos de cáncer que son fácilmente accesibles, no solo para bioinformáticos sino también para investigadores y médicos del cáncer. El equipo de Ko? Alo? Lu-Yalç? N incorporará los comentarios de los usuarios para garantizar que las herramientas satisfagan las necesidades de los investigadores y sean intuitivas de usar. “También haremos que estas herramientas estén disponibles gratuitamente”, dice Ko? Alo? Lu-Yalç? N. El equipo también utilizará los datos almacenados en CEDAR para evaluar y comparar las herramientas existentes y desarrollar métodos para predecir mejor los objetivos que probablemente sean reconocidos por las células inmunes.

Blazeska está coordinando los cinco equipos diferentes que harán de CEDAR un recurso poderoso: los curadores científicos, el equipo de divulgación, el equipo de informes y consultas de bases de datos, el desarrollo de herramientas y la infraestructura de TI. Ella explica que la captura de datos sobre el cáncer puede requerir un enfoque ligeramente diferente al trabajo en curso de enfermedades infecciosas del equipo. Por ejemplo, será necesario agregar nuevos campos de datos para la curación, como las etapas I – IV del cáncer, para garantizar que CEDAR capture todos los datos relevantes para la comunidad del cáncer. La aportación de los especialistas en cáncer será imperativa durante todo el proceso de planificación y desarrollo por este motivo.

“Necesitamos enfocarnos en tener una base sólida”, dice Blazeska. “Estamos todos emocionados. Esto fue años en la fabricación”.

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