Encontrar los objetivos más prometedores para los medicamentos contra el pan-coronavirus



Las vacunas seguras y eficaces ofrecen la esperanza de poner fin a la pandemia de COVID-19. Sin embargo, la posible aparición de variantes del SARS-CoV-2 resistentes a la vacuna, así como nuevos coronavirus, haga que encontrar tratamientos que funcionen contra todos los coronavirus sea tan importante como siempre. Ahora, los investigadores que informan en ACS ‘ Revista de investigación del proteoma han analizado proteínas virales en 27 especies de coronavirus y miles de muestras de pacientes con COVID-19, identificando secuencias altamente conservadas que podrían ser las mejores dianas farmacológicas.

Los medicamentos a menudo se unen dentro de los “bolsillos” de las proteínas que lo sujetan firmemente, lo que hace que interfiera con su función. Los científicos pueden identificar posibles bolsas de unión a fármacos a partir de las estructuras tridimensionales de las proteínas virales. Sin embargo, con el tiempo, los virus pueden mutar sus bolsas de proteínas para que los medicamentos ya no encajen. Pero algunas bolsas de unión a fármacos son tan esenciales para la función de la proteína que no se pueden mutar, y estas secuencias generalmente se conservan con el tiempo en el mismo virus y otros relacionados. Matthieu Schapira y sus colegas querían encontrar los bolsillos de unión a fármacos más conservados en proteínas virales de muestras de pacientes con COVID-19 y de otros coronavirus, revelando los objetivos más prometedores para los fármacos pan-coronavirus.

El equipo utilizó un algoritmo informático para identificar bolsas de unión a fármacos en las estructuras 3D de 15 proteínas del SARS-CoV-2. Luego, los investigadores encontraron las proteínas correspondientes en 27 especies de coronavirus y compararon sus secuencias en los bolsillos de unión al fármaco. Los dos sitios farmacológicos más conservados eran un bolsillo que se solapaba con el sitio de unión de ARN de la helicasa nsp13 y un bolsillo de unión que contenía el sitio catalítico de la ARN polimerasa nsp12 dependiente de ARN. Ambas proteínas están involucradas en la replicación y transcripción del ARN viral. El bolsillo de unión al fármaco en nsp13 también fue el más conservado en miles de muestras de SARS-CoV-2 tomadas de pacientes con COVID-19, sin una sola mutación. Los investigadores dicen que los nuevos medicamentos antivirales que se dirigen al sitio catalítico de nsp12 se encuentran actualmente en ensayos clínicos de fase II y III para COVID-19, y que el sitio de unión de ARN de nsp13 es un objetivo previamente poco explorado que debería ser una alta prioridad para el desarrollo de medicamentos.

Fuente:

Referencia de la revista:

Yazdani, S., et al. (2021) Variabilidad genética del bolsillo del SARS-CoV-2. Revista de investigación del proteoma. doi.org/10.1021/acs.jproteome.1c00206.

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