La detección del SARS-CoV-2 se asocia con la prevalencia del ARN viral en pacientes y en entornos hospitalarios



Al observar lo que estaba sucediendo en todo el mundo a principios de 2020, los investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de California en San Diego sabían que su región probablemente pronto se vería afectada por una ola de pacientes con COVID-19, la infección causada por el coronavirus SARS-CoV-2. Se preguntaron cómo persiste el virus en las superficies, particularmente en los hospitales, y sabían que solo tenían una pequeña ventana de tiempo para comenzar si querían capturar una instantánea de la situación del “antes”; antes de que los pacientes con la infección fueran admitidos.

Después de una llamada un domingo por la noche, un equipo se reunió en el vestíbulo del hospital al día siguiente, listo para tomar muestras.

En el estudio resultante, descrito el 8 de junio de 2021 en Microbioma, los investigadores tomaron muestras de las superficies de las habitaciones de los pacientes antes, durante y después de la ocupación, y recolectaron repetidamente muestras de la piel, la nariz y las heces de los pacientes con COVID-19 y sus trabajadores de la salud a lo largo del tiempo. En total, analizaron 972 muestras asociadas al hospital para detectar rastros de SARS-CoV-2 durante dos meses.

Aunque parece que hemos estado viviendo con este virus durante mucho tiempo, el estudio de las interacciones entre el SARS-CoV-2 y otros microbios aún es nuevo y todavía tenemos muchas preguntas. Cuanto más sepamos sobre cómo interactúa un virus con su entorno, mejor podremos comprender cómo se transmite y cómo podemos interrumpir mejor la transmisión para prevenir y tratar la enfermedad “.

Sarah Allard, PhD, coautora principal, científica asistente del proyecto en la Facultad de Medicina de UC San Diego y en el Instituto de Oceanografía Scripps

Sus hallazgos: el virus, o al menos su firma genética, abunda. El equipo detectó el virus en los pisos junto a las camas de los pacientes con COVID-19 (39 por ciento de las muestras analizadas), pisos fuera de las habitaciones de los pacientes (29 por ciento) y superficies dentro de las habitaciones (16 por ciento). La detección de SARS-CoV-2 tendió a ser más alta durante los primeros cinco días después de la aparición de los síntomas del paciente.

Los investigadores se apresuran a señalar que el hecho de que puedan detectar las firmas genéticas únicas del virus en una superficie no significa que el virus pueda infectar a las personas. Desde que comenzaron el estudio, está bien documentado que el SARS-CoV-2 se propaga principalmente a través de interacciones humanas cercanas, mientras que la transmisión superficial es probablemente muy rara. Además, ninguno de los trabajadores de la salud que atienden activamente a los pacientes en el estudio dio positivo por el virus. El estudio se centró en un hospital, pero los investigadores esperan encontrar resultados similares en cualquier hospital que trate a pacientes con COVID-19.

“Esto es enorme en muchos niveles”, dijo el coautor principal Daniel Sweeney, MD, médico de cuidados intensivos y enfermedades infecciosas en UC San Diego Health. “Necesitamos saber si nuestro equipo de protección personal, EPP, es adecuado, y afortunadamente ahora sabemos que cosas como máscaras, guantes, batas y protectores faciales realmente funcionan. Esta pandemia ha sido un desastre global, pero podría haber sido peor aún si nuestros trabajadores de la salud se infectaran, especialmente si no supiéramos por qué “.

Los virus no suelen estar solos. Ya sea en personas o en superficies, forman parte de comunidades complejas conocidas como microbiomas, que pueden incluir una variedad de otros virus, bacterias y microbios adicionales. Al buscar el coronavirus, el equipo descubrió algo más: un tipo particular de bacteria del género Rothia se encontró junto con el SARS-CoV-2 la mayoría de las veces, independientemente del sitio de recolección. En otras palabras, la presencia de Rothia predijo fuertemente que también detectarían SARS-CoV-2 en la misma muestra.

“¿Por qué esa relación?” preguntó Allard. “¿Las bacterias ayudan al virus a sobrevivir, o viceversa? ¿O es solo que estas bacterias están asociadas con las condiciones médicas subyacentes que ponen a los pacientes en mayor riesgo de COVID-19 severo en primer lugar? Esa es un área para futuras investigaciones. “

El estudio fue un desafío desde el principio y se volvió más difícil a medida que la unidad de cuidados intensivos del hospital comenzó a recibir más pacientes con COVID-19. El equipo diseñó específicamente su enfoque para aprovechar los recursos existentes para no estresar la cadena de suministro necesaria para la atención clínica y las pruebas. En un esfuerzo separado, algunos miembros del equipo y sus colegas desarrollaron hisopos alternativos con fines de investigación. Recogieron muestras de la manera más rápida y eficiente posible para minimizar las interrupciones en la atención al paciente. Las muestras se transportaron de regreso al laboratorio en alcohol, conservando el virus para el análisis pero sin exponer a los investigadores a organismos activos.

“Mucha gente hizo mucha investigación básica y clínica estos últimos meses, y lo hicimos bien”, dijo Sweeney. “Agregamos a nuestra infraestructura. Adquirimos la experiencia. Espero que el mismo tipo de enfoque, impulso y espíritu continúe en lo que venga después”.

Fuente:

Referencia de la revista:

Marotz, C., et al. (2021) El estado de detección del SARS-CoV-2 se asocia con la composición de la comunidad bacteriana en los pacientes y el entorno hospitalario. Microbioma. doi.org/10.1186/s40168-021-01083-0.

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