La mutación N501Y puede estar asociada con una carga viral más alta, dice un estudio preliminar


La aparición de nuevas variantes del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) ha sido motivo de gran preocupación para las autoridades de salud pública y los gobiernos involucrados en detener la pandemia en curso de la enfermedad por coronavirus (COVID-19). Un nuevo trabajo de investigación preimpreso publicado en el medRxiv* servidor trata los resultados preliminares de un estudio sobre la denominada variante británica, UI-202012/01, también conocida como linaje B.1.1.7 o 20B / 501Y.V1.

Estudio: Análisis inicial de un vínculo potencial entre la carga viral y la mutación N501Y en la proteína de pico SARS-COV-2.  Haber de imagen: Design_Cells / Shutterstock

Esta variante se documentó por primera vez el 14 de diciembre de 2021 y está definida por la mutación N501Y en el dominio de unión al receptor (RBD) del proteína de pico, la deleción ΔH69 / V70 y muchas otras mutaciones. Recientemente se ha informado de que esta variante está aumentando en frecuencia en el sureste de Inglaterra con tanta rapidez que despierta la sospecha de que ha aumentado la transmisibilidad.

El presente estudio tuvo como objetivo investigar este aspecto del virus en términos de aumento la carga viral. Los investigadores secuenciaron todas las muestras positivas de cuatro laboratorios Lighthouse en el Reino Unido, utilizando su método de secuenciación cuantitativa. Esto da como resultado el número de lecturas mapeadas únicas, que guarda una correlación con la carga viral y, por lo tanto, actúa como proxy.

Descubrieron que el logaritmo de las lecturas mapeadas únicas se correlacionó negativamente con los valores de Ct obtenidos de la prueba de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Seleccionaron la presencia de Y501 como marcador de la nueva variante. De 88 muestras que mostraron esta mutación, consideraron solo las muestras tomadas en el período del 31 de octubre al 13 de noviembre de 2020. Esto mostró que el número de lecturas mapeadas únicas en la variante Y501 fue más significativo que en la variante N501, lo que indica que las cargas virales medias aumentan aproximadamente tres veces para la variante Y501.

Una fuerte correlación negativa entre el valor Ct y log10 (número de lecturas mapeadas).  El número de lecturas mapeadas de forma única por muestra se puede utilizar como proxy de la carga viral.  El valor Ct que se muestra es el valor Ct máximo obtenido de Majora (la base de datos del COG) de datos retrospectivos para todos los laboratorios Lighthouse que suministran datos Ct;  log10 de lecturas mapeadas de forma única (deduplicadas) obtenidas con la plataforma veSEQ se correlaciona bien con Ct.  Esto no incluye muestras en este informe ya que los valores Ct aún no estaban disponibles.

Una fuerte correlación negativa entre el valor Ct y log10 (número de lecturas mapeadas). El número de lecturas mapeadas de forma única por muestra se puede utilizar como proxy de la carga viral. El valor Ct que se muestra es el valor Ct máximo obtenido de Majora (la base de datos del COG) de datos retrospectivos para todos los laboratorios Lighthouse que suministran datos Ct; log10 de lecturas mapeadas de forma única (deduplicadas) obtenidas con la plataforma veSEQ se correlaciona bien con Ct. Esto no incluye muestras en este informe ya que los valores Ct aún no estaban disponibles.

Las cargas virales difieren según la ubicación

Luego, los investigadores examinaron la ubicación geográfica de la que se tomaron las diferentes muestras, donde tal información estaba disponible. Descubrieron que cualquiera que fuera la variante presente, todas las muestras del Gran Londres tenían una carga viral mucho más alta en comparación con cualquier otro lugar.

En otros lugares, sin embargo, las cargas virales de Y501 fueron mucho más altas en comparación con N501. Sin embargo, de manera significativa, la ubicación, que se enriqueció para Y501, condado de Kent, no mostró ninguna diferencia entre Y501 y N501 con respecto a las cargas virales. Esto podría indicar que la infección por VUI-202012/01 y la carga viral estaban correlacionadas fuera del Gran Londres. En esta última ubicación, las razones de la falta de asociación podrían deberse a que el estudio no tenía el poder estadístico suficiente o, alternativamente, podría deberse a diferencias en los parámetros demográficos y epidemiológicos de la población de Londres en relación con otras ubicaciones.

Un mayor número de lecturas mapeadas en muestras que exhiben la variante Y501 Box y diagramas de dispersión de lecturas mapeadas únicas, estratificadas por (a) fecha de lote y (b) anonimizado Lighthouse lab.  No hay una diferencia significativa entre los lotes o los laboratorios Lighthouse para las muestras N501 (p> 0,1 para todas las comparaciones por pares).  Los puntos dentro de cada lote se alteran para ayudar a la visualización.  Las líneas horizontales en los diagramas de caja representan la mediana y el rango intercuartílico.” height=”691″ src=”https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/picture/2021/1/dsure-1.jpg” srcset=”https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/1466/picture/2021/1/dsure-1.jpg 1466w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/1450/picture/2021/1/dsure-1.jpg 1450w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/1250/picture/2021/1/dsure-1.jpg 1250w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/1050/picture/2021/1/dsure-1.jpg 1050w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/850/picture/2021/1/dsure-1.jpg 850w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/650/picture/2021/1/dsure-1.jpg 650w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20210119124637/ri/450/picture/2021/1/dsure-1.jpg 450w” sizes=”(min-width: 1200px) 673px, (min-width: 1090px) 667px, (min-width: 992px) calc(66.6vw – 60px), (min-width: 480px) calc(100vw – 40px), calc(100vw – 30px)” title=”Un mayor número de lecturas mapeadas en muestras que exhiben la variante Y501 Box y diagramas de dispersión de lecturas mapeadas únicas, estratificadas por (a) fecha de lote y (b) anonimizado Lighthouse lab.  No hay una diferencia significativa entre los lotes o los laboratorios Lighthouse para las muestras N501 (p> 0,1 para todas las comparaciones por pares).  Los puntos dentro de cada lote se alteran para ayudar a la visualización.  Las líneas horizontales en los diagramas de caja representan la mediana y el rango intercuartílico.” width=”1466″/></p>
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¿Cuáles son las implicaciones?

Los investigadores señalan que las muestras de este estudio procedían de personas sintomáticas. Se cree que las cargas virales son más altas al inicio de los síntomas. Dado que los datos secuenciados cubrieron una amplia gama de cargas virales, sugieren que los datos de la prueba provienen de personas en todas las etapas de la infección sintomática.

La nueva variante puede estar circulando en un grupo de edad particular, por ejemplo, que tiene cargas virales más altas. Esta puede ser una explicación de la diferencia en las correlaciones de carga viral Ct en el Gran Londres frente a fuera de esta región. Otro factor es la intensa transmisión que se produce durante la fase inicial de una epidemia provocada por un linaje determinado. La dispersión del linaje ocurre mucho más tarde. Esto solo se puede confirmar con más investigación.

Las razones del crecimiento más rápido asociado con esta variante no están claras: podría deberse a un crecimiento epidémico más rápido, patrones demográficos, efectos fundador o cargas virales más altas, entre otros mecanismos biológicos. La correlación con cargas virales más altas, en este caso, parece sugerir una mayor transmisibilidad de este virus, pero se requieren más estudios. Una vez más, la mutación N501Y puede no ser la única razón de esta expansión. Es más necesario comprender cómo se relacionan los niveles virales con la virulencia, ya que esto puede determinar la gravedad de la infección.

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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