La tecnología de pruebas genéticas detecta erróneamente la presencia de variantes genéticas muy raras



Una tecnología que es ampliamente utilizada por las empresas comerciales de pruebas genéticas es “extremadamente poco confiable” para detectar variantes muy raras, lo que significa que los resultados que sugieren que los individuos portan variantes genéticas que causan enfermedades raras generalmente son incorrectos, según una nueva investigación publicada en BMJ.

Después de conocer casos en los que se programó una cirugía después de que se les dijo erróneamente que tenían variaciones genéticas muy raras en el gen BRCA1 que podrían aumentar significativamente la riesgo de cáncer de mama, un equipo de la Universidad de Exeter realizó un análisis a gran escala de la tecnología utilizando datos de casi 50.000 personas.

Descubrieron que la tecnología identificaba erróneamente la presencia de variantes genéticas muy raras en la mayoría de los casos.

El equipo analizó los chips SNP, que prueban la variación genética en cientos de miles de ubicaciones específicas en todo el genoma. Si bien es excelente para detectar variaciones genéticas comunes que pueden aumentar el riesgo de enfermedades como la diabetes tipo 2, los genetistas saben desde hace mucho tiempo que son menos confiables para detectar variaciones más raras.

Sin embargo, este problema es menos conocido fuera de la comunidad de investigación genética, y los chips SNP son ampliamente utilizados por empresas comerciales que ofrecen pruebas genéticas directamente a los consumidores.

Los chips SNP son fantásticos para detectar variantes genéticas comunes, sin embargo, tenemos que reconocer que las pruebas que funcionan bien en un escenario no son necesariamente aplicables a otros. Hemos confirmado que los chips SNP son extremadamente deficientes para detectar variantes genéticas muy raras que causan enfermedades, y a menudo dan resultados falsos positivos que pueden tener un impacto clínico profundo. Estos resultados falsos se habían utilizado para programar procedimientos médicos invasivos que eran innecesarios e injustificados “.

Caroline Wright, autora principal del estudio y profesora de Medicina Genómica, Facultad de Medicina de la Universidad de Exeter

El equipo comparó los datos de los chips SNP con los datos de la herramienta más confiable de secuenciación de próxima generación en 49,908 participantes del UK Biobank y otras 21 personas que compartieron los resultados de sus pruebas genéticas de consumo a través del Personal Genome Project.

El estudio concluyó que los chips SNP se desempeñaron extremadamente bien en la detección de variantes genéticas comunes. Sin embargo, cuanto más rara era la variación, menos confiables se volvían los resultados.

En variantes muy raras, presentes en menos de 1 de cada 100.000 personas, típicas de las que causan enfermedades genéticas raras, el 84 por ciento fueron falsos positivos en UK Biobank. En los datos de clientes comerciales, 20 de 21 individuos analizados tenían al menos una variante causante de enfermedades raras falso positivo que había sido genotipado incorrectamente.

El Dr. Leigh Jackson, profesor de Medicina Genómica en la Universidad de Exeter y coautor del artículo, dijo: “El número de falsos positivos en variantes genéticas raras producidas por chips SNP fue sorprendentemente alto. Para ser claros: un muy raro, Es más probable que la variante causante de enfermedades detectada mediante un chip SNP sea incorrecta que correcta. Aunque algunas empresas de genómica del consumidor realizan una secuenciación para validar resultados importantes antes de entregarlos a los consumidores, la mayoría de los consumidores también descargan los datos del chip SNP “sin procesar” para un análisis secundario. y estos datos sin procesar aún contienen estos resultados incorrectos. Las implicaciones de nuestros hallazgos son muy simples: los chips SNP funcionan mal para detectar variantes genéticas muy raras y los resultados nunca deben usarse para guiar la atención médica de un paciente a menos que hayan sido validados “.

Fuente:

Referencia de la revista:

Weedon, MN, et al. (2021) Uso de chips SNP para detectar variantes patogénicas raras: evaluación diagnóstica retrospectiva basada en la población. BMJ. doi.org/10.1136/bmj.n214.

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