La variante brasileña del SARS-CoV-2 podría escapar a las respuestas inmunitarias del huésped mediadas por células T


Un equipo de científicos de Brasil exploró recientemente las capacidades de las variantes del Reino Unido, Sudáfrica y Brasil del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) para evadir las respuestas de las células T CD8 + del huésped inducidas por una infección natural o vacunación. Los hallazgos revelan una cobertura antigénica reducida para el linaje brasileño P.2, lo que indica su capacidad para evadir las respuestas de las células T inducidas por el SARS-CoV-2. El estudio está disponible actualmente en el bioRxiv* servidor de preimpresión.

Estudio: Los nuevos linajes de SARS-CoV-2 podrían evadir la respuesta de las células T CD8 +.  Haber de imagen: joshimerbin / Shutterstock

Fondo

Desde la aparición de la pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), se están realizando esfuerzos continuos para secuenciar el genoma del SARS-CoV-2 y examinar posibles mutaciones virales. Aunque la tasa de mutación del SARS-CoV-2 es considerablemente más baja que la de otros virus de ARN, se han identificado algunas mutaciones de picos potenciales en las variantes emergentes del SARS-CoV-2 (las variantes del Reino Unido, Sudáfrica y Brasil) que pueden aumentar significativamente infectividad viral. Un conjunto creciente de pruebas también indica que algunas de estas variantes pueden evadir las respuestas inmunitarias humorales de la célula huésped inducidas por la infección natural o la vacunación. En el contexto de COVID-19, se ha observado que, a diferencia de las respuestas de anticuerpos anti-SARS-CoV-2 de vida relativamente corta, las respuestas inmunitarias adaptativas mediadas por células T proporcionan una protección sólida y duradera contra el SARS-CoV-2. Esto sugiere la necesidad de desarrollar nuevas vacunas COVID-19 con péptidos específicos que puedan inducir respuestas apropiadas de células T contra el SARS-CoV-2.

En el estudio actual, los científicos han evaluado el impacto de nuevas mutaciones del SARS-CoV-2 específicas de la nucleocápside y espigas en las respuestas inmunitarias del huésped mediadas por células T. Específicamente, analizaron si estas mutaciones influyen en la cobertura de péptidos virales entre la población humana; leucocitos humanos antígeno (HLA) -mediada presentación de péptidos virales a Células T; y respuestas generales de células T.

Diseño del estudio

Específicamente, los científicos estudiaron los impactos de las mutaciones de pico / nucleocápside (26 mutaciones por sustitución de un solo nucleótido y 2 mutaciones por deleción) presentes en cuatro posibles variantes del SARS-CoV-2 (variante del Reino Unido: linaje B.1.1.7; variante sudafricana: B. 1.351 linaje; y dos variantes brasileñas: linajes P.1 y P.2) utilizando la secuencia de la cepa original de Wuhan como secuencia de referencia de tipo salvaje.

Inicialmente, llevaron a cabo experimentos de predicción de unión para identificar péptidos virales que se unen fuertemente (aglutinantes fuertes) o débilmente (aglutinantes débiles) a un conjunto de moléculas de HLA de clase I obtenidas de 29 países. Para la predicción de la antigenicidad del péptido, seleccionaron un conjunto de péptidos virales que eran distintos entre cada variante viral y la cepa de referencia de tipo salvaje. Para estimar la cobertura de la población para cada variante viral, utilizaron HLA de clase I: pares de péptidos obtenidos del SARS-CoV-2 de tipo salvaje y sus variantes.

Observaciones importantes

Al realizar el análisis de predicción de la unión, los científicos identificaron un conjunto de 230 péptidos virales únicos que generaron 6320 combinaciones de HLA-I: péptido. Es importante destacar que observaron que la mutación de pico N501Y se asoció con una producción 10 veces mayor de péptidos virales que la secuencia de tipo salvaje. Además, todas las mutaciones de sustitución presentes en la región que codifica la nucleocápsida generaron más péptidos que la secuencia de tipo salvaje. Estas observaciones indican que las mutaciones en el proteína de pico y la nucleocápside de las variantes de SARS-CoV-2 recién surgidas puede aumentar realmente el número de péptidos virales presentados a las moléculas de HLA-I, que a su vez pueden desencadenar las respuestas citotóxicas mediadas por células T CD8 + y terminar la replicación / propagación viral.

Además, los científicos determinaron las afinidades de los péptidos derivados de variantes y de tipo salvaje por las moléculas de HLA-I. Observaron que un conjunto de seis péptidos derivados de las mutaciones de sustitución T205I, D80A, H655Y, N501Y, P26S y T716I exhibían una afinidad significativamente mayor por las moléculas de HLA-I. Es importante destacar que las mutaciones de pico presentes en la variante del Reino Unido generaron péptidos con una afinidad significativamente mayor, mientras que se observó una afinidad significativamente reducida por los péptidos derivados de una de las variantes brasileñas (Lineage P.2).

Al considerar todas las mutaciones de sustitución de un solo nucleótido presentes en cada variante del SARS-CoV-2, observaron una mayor antigenicidad para las variantes sudafricana y brasileña P.1. Curiosamente, observaron que algunos de los péptidos derivados de mutaciones podrían ser más antigénicos pero menos presentados por la molécula HLA-I. De manera similar, algunos péptidos podrían ser menos antigénicos pero mejor presentados por la molécula HLA-I. Estos hallazgos indican que las mutaciones presentes en la región inmunodominante de la secuencia de tipo salvaje pueden realmente facilitar la evasión viral de las respuestas de las células T del huésped.

Además, estimaron la cobertura antigénica global para las cuatro variantes del SARS-CoV-2 y observaron una cobertura antigénica más baja para la variante brasileña P.2 y una cobertura más alta para las variantes sudafricana y brasileña P.1.

Importancia del estudio

El estudio revela que los péptidos virales derivados de la variante brasileña P.2 del SARS-CoV-2 están mal presentados por las moléculas HLA-I, lo que indica su potencia para escapar de las respuestas inmunitarias del huésped mediadas por células T CD8 + inducidas por infección natural o vacunación. . Además, el estudio indica que los péptidos derivados del pico N501Y y las mutaciones de la nucleocápsida T205I pueden tener una mayor afinidad por las moléculas de HLA-I en comparación con la secuencia salvaje del SARS-CoV-2.

*Noticia importante

bioRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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