Los investigadores evalúan los riesgos de contaminación de la superficie del SARS-CoV-2 en el entorno hospitalario


La alta infectividad y la rápida transmisibilidad del síndrome respiratorio agudo severo por coronavirus 2 (SARS-CoV-2) ha requerido varias pruebas. Al comienzo de la pandemia de la enfermedad del coronavirus 2019 (COVID-19), causada por la infección del SARS-CoV-2, los científicos realizaron pruebas en todas partes para detectar peligros de contaminación por virus vivos: piel, alimentos, agua, manijas de puertas, superficies de cobre, acero inoxidable, cartón. y plástico.

Estudio: detección de SARS-CoV-2 y secuenciación genómica de muestras de superficie de hospitales recolectadas en UC Davis.  Crédito de la imagen: NIAID / Flickr

Sin embargo, todavía hay una escasez de datos sobre la supervivencia y la infectividad del SARS-CoV-2 en superficies en entornos cerrados. Además, la viabilidad ambiental del SARS-CoV-2 aún no se comprende completamente.

Si bien los estudios de qRT-PCR (reacción cuantitativa en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa) mostraron la presencia de ARN viral en interiores durante varias semanas, la falta de ARN viral detectada en una sala de oncología que alberga a pacientes con COVID-19 es sorprendente. Las observaciones contradictorias socavan la importancia de la presencia y la infectividad de este virus en las superficies ambientales.

En este contexto, un equipo interdepartamental de la Universidad de California en Davis, EE. UU., Analizó los hisopos de superficie para detectar ARN del SARS-CoV-2 y la infectividad en un entorno hospitalario mediante qRT-PCR y un ensayo de cultivo viral. También determinaron la idoneidad para el análisis de secuencias y la identificación filogenética de la fuente del virus.

El equipo afirma que este es el primer informe sobre la recuperación de secuencias del genoma del SARS-CoV-2 casi completas directamente de hisopos de superficie ambiental.

Encontraron una baja probabilidad de contaminación por SARS-CoV-2 en las superficies de los hospitales con un virus infeccioso, cuestionando la importancia de los ‘fómites’ en Transmisión del COVID-19. Además, no se detectaron virus infecciosos en las superficies; esto está de acuerdo con los estudios anteriores.

Sin embargo, los investigadores encontraron secuencias genómicas casi completas de dos superficies, lo que sugiere que algunos genomas virales están presentes aunque no sean infecciosos. Los investigadores amplificaron las secuencias virales de varias muestras, que resultaron negativas mediante qRT-PCR. Curiosamente, esto destaca el potencial de obtener secuencias virales en algunas muestras negativas de PCR.

los análisis filogenético ayudó al equipo a identificar la fuente de los genomas positivos del SARS-CoV-2: se derivaron de pacientes hospitalizados. En particular, la contaminación ambiental estaba relacionada con un solo linaje del virus, muy probablemente de un solo paciente.

Para este estudio, el equipo recolectó las muestras durante las dos oleadas de COVID-19 en el Centro Médico Davis de la Universidad de California, en las áreas de congregación de personal y servicio de pacientes de COVID-19. Recolectaron el primer conjunto de muestras en abril de 2020 y el segundo conjunto entre finales de julio y principios de agosto de 2020.

Investigaron las muestras positivas para qRT-PCR en cultivos de células Vero en busca de efectos citopáticos y luego evaluaron filogenéticamente las muestras mediante la secuenciación del genoma completo. El protocolo completo utilizado aquí está disponible en línea.

Aunque recuperamos secuencias genómicas casi completas en algunas, ninguna de las muestras positivas (11 de 224 en total) causó efectos citopáticos en células cultivadas, lo que sugiere que ácido nucleico o no se asoció con viriones intactos, o estaban presentes en cantidades insuficientes para la infectividad “.

En este estudio, los investigadores encontraron que las prácticas mejoradas de limpieza y manejo de pacientes entre abril y agosto de 2020 se asociaron con una menor recuperación del ARN del SARS-CoV-2 de las muestras de la superficie del hospital. Se observa una reducción sustancial de la positividad de qRT-PCR para SARS-CoV-2 (del 11% al 2%) en muestras de superficie hospitalaria.

Micrografías de células Vero E6 cinco días después de la inoculación.  Las células se infectaron de forma simulada (parte superior izquierda), se inocularon con muestras de hisopo (representativas de las cinco muestras analizadas, parte superior derecha) o se infectaron con una UFP de mNeonGreen SARS-CoV-2 (contraste de fase, parte inferior izquierda; mNeonGreen, parte inferior derecha) .

Micrografías de células Vero E6 cinco días después de la inoculación. Las células se infectaron de forma simulada (parte superior izquierda), se inocularon con muestras de hisopo (representativas de las cinco muestras analizadas, parte superior derecha) o se infectaron con una UFP de mNeonGreen SARS-CoV-2 (contraste de fase, parte inferior izquierda; mNeonGreen, parte inferior derecha) .

El mejor manejo de las secreciones respiratorias por parte del paciente incluyó intubación más temprana, ventilación de secuencia rápida y cambios en el manejo de las cánulas nasales de alto flujo de O2.

Los investigadores destacaron eso a mediados de agosto de 2020, cuando se admitió el segundo aumento de casos de COVID-19, lo que aumentó sustancialmente el número de pacientes en el hospital.

Sin embargo, las prácticas de limpieza mejoradas y el manejo de los pacientes ayudaron a reducir la presencia ambiental de los viriones.

También observaron que el ARN del SARS-CoV-2 de las superficies hospitalarias no exhibía naturaleza infecciosa en un modelo de cultivo de células Vero. in vitro.

Los investigadores informaron que la PCR del genoma completo y la secuenciación producen una detección más eficaz del SARS-CoV-2 que la qRT-PCR. Las secuencias genómicas aisladas de muestras qRT-PCR negativas indican una sensibilidad superior de detección viral por secuenciación.

De dos habitaciones de pacientes diferentes (del piso y la tapa de una canasta de ropa de cama sucia), también recuperaron dos genomas casi completos.

El análisis filogenético sugirió que los genomas del SARS-CoV-2 de las muestras positivas se obtuvieron de pacientes hospitalizados. Los investigadores notaron que las secuencias del genoma recuperadas eran del clado 19B, que pueden haberse originado en un solo paciente o en varios pacientes infectados con virus similares.

En este estudio, los investigadores informaron que el 11% de las muestras recolectadas en el Centro Médico de UC Davis en abril de 2020 fueron positivas para el SARS-CoV-2, mientras que un experimento de seguimiento más grande en agosto encontró solo el 2% de los hisopos positivos. Esto probablemente se deba a mejores protocolos de limpieza y mejor manejo de las secreciones respiratorias del paciente. Algunos genomas virales están presentes pero son infecciosos. Este estudio destaca el potencial de obtener secuencias virales en algunas muestras de PCR negativas.

En la lucha en curso contra la pandemia, este estudio arroja luz sobre la importancia de los protocolos y procedimientos en los estudios de investigación. Los resultados de las observaciones únicas ayudarán a los trabajadores de la salud y a los investigadores a adoptar mejores procedimientos operativos estándar.

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

Referencia de la revista:

  • David A. Coil, Timothy Albertson, Shefali Banerjee, Greg Brennan, AJ Campbell, Stuart H. Cohen, Satya Dandekar, Samuel L. Díaz-Muñoz, Jonathan A. Eisen, Tracey Goldstein, Ivy R. Jose, Maya Juarez, Brandt A Robinson, Stefan Rothenburg, Christian Sandrock, Ana MM Stoian, Daniel G Tompkins, Alexandre Tremeau-Bravard, Angela Haczku. Detección de SARS-CoV-2 y secuenciación genómica de muestras de la superficie del hospital recolectadas en UC Davis. medRxiv 2021.02.23.21252022; doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.23.21252022, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.23.21252022v1

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