Los investigadores exploran un método de identificación rentable para las nuevas variantes del SARS-CoV-2


Varias variantes nuevas del síndrome respiratorio agudo agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) que son motivo de preocupación han surgido desde el inicio de la pandemia. Estas variantes muestran a menudo una mayor infecciosidad y virulencia en comparación con la cepa de tipo salvaje. La secuenciación del genoma completo es actualmente el estándar de oro en la identificación y seguimiento de estos linajes. Sin embargo, los costos de instalación y los requisitos operativos de las instalaciones capaces de procesar volúmenes de muestra tan grandes han sido prohibitivos, excediendo lo que es clínicamente procesable para la mayoría de los pacientes.

En un nuevo estudio, publicado recientemente en el servidor de preimpresión medRxiv*, se ha desarrollado un método rápido y rentable para detectar variantes conocidas de interés utilizando electroforesis capilar, lo que permite a las instalaciones locales detectar y rastrear variantes de SARS-CoV-2 de interés e implementar procedimientos reaccionarios.

Estudio: El análisis de fragmentos múltiples identifica variantes del SARS-CoV-2.  Haber de imagen: joshimerbin / Shutterstock

Prueba de concepto

El grupo seleccionó tres mutaciones por deleción que se describieron inicialmente como pertenecientes a la variante B.1.1.7 (Reino Unido): F144 en el proteína de pico, que es específico de esta cepa; una deleción de ORF1A que también está presente en varias otras variantes de interés, lo que hace posible una distinción entre B.1.1.7 y cualquiera de estas otras cepas; y otro gen común a todos coronavirus para actuar como un control. La electroforesis capilar separa los componentes moleculares de una muestra en función de la masa y la carga, en este caso, determinada principalmente por ácido nucleico longitud de la cadena. Como las variantes de interés contienen mutaciones por deleción en estos sitios conocidos, la secuencia de ácido nucleico de este gen es ligeramente más corta. Por tanto, eluye a una velocidad ligeramente diferente durante la electroforesis.

El grupo recolectó ciento ochenta y seis muestras retrospectivas, con fecha de diciembre de 2020 a enero de 2021, además de 466 muestras prospectivas recolectadas desde entonces en el norte de Texas, EE. UU. Entre las muestras retrospectivas, no se detectaron variantes de preocupación, B.1.1.7 solo se hizo evidente a fines de enero de 2021, coincidiendo estrechamente con la propagación informada de esta cepa en el estado en este momento.

Durante este estudio piloto, el grupo observó que el cebador inverso utilizado para complementar y, por lo tanto, amplificar, la mutación de la proteína de pico F114 se superponía con otra mutación distinta de la proteína de pico observada en las variantes emergentes B.1.429 / B.1.427 en California. : W152C. Como esta mutación es un cambio puntual en lugar de una eliminación de una base, no se pudo emplear la misma estrategia para detectar esta cepa. En este caso, el grupo rediseñó el cebador para unirse preferentemente con el SARS-CoV-2 de tipo salvaje sobre las cepas que portan esta mutación mediante alteraciones seleccionadas en la secuencia del cebador para mejorar o disuadir la unión, lo que significa que esta cepa ahora podría diferenciarse por la ausencia de ADN complementario.

Seguimiento de variantes de interés

Se han informado ampliamente varias mutaciones en múltiples linajes de SARS-CoV-2, cada una de las cuales ha experimentado una evolución convergente hacia una forma más virulenta por mutaciones clave que mejoran la afinidad de la proteína de pico hacia el receptor de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2), o proporcionan alguna otra función de mejora. N501Y y E484K son dos de esas mutaciones que se han producido repetidamente de forma independiente, y el grupo aplicó a continuación el ensayo hacia estas mutaciones. Si bien es solo un poco indicativo de un linaje preciso, este ensayo podría usarse para resaltar rápidamente la necesidad de un examen más detallado de una muestra cuando se encuentre presente una de estas mutaciones recurrentes clave.

Los autores pudieron distinguir con éxito entre los linajes B.1.1.7, B.1.351, B.1.529, P.1, B1.427 y B.1.429 utilizando el ensayo, posible mediante un simple intercambio de la secuencia del cebador empleada. Se pueden emplear hasta 40 pares de cebadores simultáneamente contra 96 ​​muestras usando el ensayo, lo que permite que el procedimiento de selección abarque un gran número de linajes y evite la repetición de la prueba. El descubrimiento de marcadores característicos altamente específicos para cada linaje es la fuerza impulsora detrás del desarrollo posterior de esta tecnología. Sin embargo, es seguro que el seguimiento y el monitoreo generalizados del linaje desempeñarán un papel importante en las futuras estrategias de gestión de COVID-19. El desarrollo de un ensayo tan conveniente y de bajo costo permitirá una mejor recopilación y seguimiento de datos.

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

Referencia de la revista:

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