Los investigadores identifican una nueva variante del SARS-CoV-2 (A.VOI.V2) en el sur de África


Un equipo de científicos internacionales ha explorado recientemente la dinámica de transmisión de las variantes que circulan actualmente del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) en un país del sur de África. Al analizar las secuencias genómicas de estas variantes, han identificado una nueva variante del SARS-CoV-2 con múltiples mutaciones de pico. Han designado temporalmente la variante A.VOI.V2. Una descripción detallada de la vigilancia genómica que llevaron a cabo está disponible actualmente en la medRxiv* servidor de preimpresión.

Estudio: una nueva variante de interés del SARS-CoV-2 con múltiples mutaciones de picos se identifica a partir de la vigilancia de viajes en África.  Haber de imagen: joshimerbin / Shutterstock

Fondo

Desde su aparición en diciembre de 2019, el SARS-CoV-2, el patógeno causante de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), ha sufrido más de 12.000 mutaciones. La mayoría de estas mutaciones se encuentran en el virus. proteína de pico, el cual es un glicoproteína en la envoltura viral necesaria para establecer la infección por SARS-CoV-2. Debido a su fuerte inmunogenicidad, se considera que la proteína de pico es el objetivo más potente para desarrollar anticuerpos terapéuticos y vacunas. Una mayor frecuencia de mutaciones de pico en variantes emergentes ha planteado la cuestión de si estas mutaciones podrían potencialmente afectar la funcionalidad de los anticuerpos monoclonales y las vacunas diseñadas específicamente contra las variantes virales que circulaban previamente.

Algunas variantes preocupantes (COV) del SARS-CoV-2 que surgieron recientemente, como las variantes del Reino Unido, Sudáfrica y Brasil, han mostrado una transmisibilidad significativamente mayor que las variantes que circulaban anteriormente. Además, un grupo creciente de estudios preliminares ha sugerido que estas variantes podrían estar asociadas con una mayor virulencia. Se ha descubierto que las mutaciones encontradas en estas variantes aumentan la afinidad de unión entre el dominio de unión al receptor de pico (RBD) y el receptor de la enzima convertidora de angiotensina 2 (ACE2) del huésped. Además, existe evidencia que indica que algunas de las mutaciones de RBD de pico facilitan que el virus escape de la neutralización mediada por anticuerpos. Estas observaciones explican la razón detrás del aumento de la infectividad y virulencia de los COV.

En el estudio actual, los científicos han realizado una vigilancia genómica exhaustiva de las variantes del SARS-CoV-2 en Angola, un país ubicado en la costa occidental del sur de África. El estudio ha sido realizado por la Red de Vigilancia Genómica en Sudáfrica (NGS-SA) en asociación con los Centros Africanos para el Control y la Prevención de Enfermedades y la Sociedad Africana de Medicina de Laboratorio.

Diseño del estudio

Poco después de su aparición a fines de 2020, la variante sudafricana del SARS-CoV-2 (linaje B.1.351) se ha extendido rápidamente a más de 50 países en todo el mundo y se ha convertido en la cepa predominantemente circulante en el sur de África. El estudio actual se inició para caracterizar rápidamente la dinámica de transmisión de esta variante y otros COV en África. El primer informe sobre los datos de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 de Angola se ha presentado aquí.

Observaciones importantes

Los científicos analizaron un total de 118 muestras nasofaríngeas recolectadas entre junio de 2020 y febrero de 2021. Con estas muestras, generaron 73 genomas de SARS-CoV-2 de alta calidad; de los cuales, 14 eran de los linajes B.1.351, B.1.1.7 y B.1.525; 44 eran del linaje C.16 de Portugal; y 12 de otros linajes. Además, identificaron una variante novedosa en tres pasajeros aéreos de Tanzania. Curiosamente, tres genomas virales aislados de estos pasajeros mostraron una secuencia casi idéntica. Designaron temporalmente la nueva variante A.VOI.V2.

Con un análisis más detallado, observaron que la nueva variante tiene un total de 31 mutaciones por sustitución de aminoácidos y 3 mutaciones por deleción. De estas mutaciones, 11 de 31 mutaciones por sustitución y todas las mutaciones por deleción se encontraron en la proteína de pico. Al analizar específicamente las mutaciones de pico, identificaron 3 sustituciones en el RBD de pico, 2 sustituciones cerca del sitio de escisión S1 / S2 y 5 sustituciones y 3 deleciones en el dominio N-terminal de pico (NTD). Además, observaron que algunas de las mutaciones de NTD están presentes en el supersitio antigénico.

A) Árbol filogenético de un subconjunto de secuencias del linaje A (n = 319) que incluye cinco secuencias de casos con antecedentes de viajes de Tanzania, tres de los cuales son A.VOI.V2 muestreados en Angola (puntas mostradas con un triángulo);  B) Regresión de distancias genéticas de raíz a punta contra fechas de muestreo, para secuencias pertenecientes al linaje A, mostrando el nuevo A.VOI.V2 (rojo), el VOI A.23.1 conocido (azul claro), otras secuencias del linaje A (azul profundo), dos de los cuales están documentados con antecedentes de viajes desde Tanzania (contorno rojo);  C) Gráfico de violín que muestra el número de mutaciones de aminoácidos en todo el genoma y glicoproteína de pico en un subconjunto de genomas de cinco variantes conocidas en comparación con el nuevo A.VOI.V2;  D) Mapa del genoma que muestra la posición de las 31 sustituciones de aminoácidos y tres deleciones (pico de color, NTD = dominio Nterminal, RBD = dominio de unión al receptor, RBM = motivo de unión al receptor, S1 / S2 = sitio de escisión S1 / S2, y el resto del genoma en gris).

A) Árbol filogenético de un subconjunto de secuencias del linaje A (n = 319) que incluye cinco secuencias de casos con antecedentes de viajes de Tanzania, tres de los cuales son A.VOI.V2 muestreados en Angola (puntas mostradas con un triángulo); B) Regresión de distancias genéticas de raíz a punta contra fechas de muestreo, para secuencias pertenecientes al linaje A, mostrando el nuevo A.VOI.V2 (rojo), el VOI A.23.1 conocido (azul claro), otras secuencias del linaje A (azul profundo), dos de los cuales están documentados con antecedentes de viajes desde Tanzania (contorno rojo); C) Gráfico de violín que muestra el número de mutaciones de aminoácidos en todo el genoma y glicoproteína de pico en un subconjunto de genomas de cinco variantes conocidas en comparación con el nuevo A.VOI.V2; D) Mapa del genoma que muestra la posición de las 31 sustituciones de aminoácidos y tres deleciones (pico de color, NTD = dominio Nterminal, RBD = dominio de unión al receptor, RBM = motivo de unión al receptor, S1 / S2 = sitio de escisión S1 / S2, y el resto del genoma en gris).

Importancia del estudio

El estudio identifica una nueva variante del SARS-CoV-2 con múltiples mutaciones de pico. La mayoría de estas mutaciones también están presentes en otros COV y se sabe que aumentan la infectividad viral y la resistencia a los anticuerpos. Estas observaciones indican que en respuesta a ciertas presiones selectivas, estas mutaciones están evolucionando gradualmente bajo selección positiva y mejorando la aptitud viral.

Aunque la nueva variante se identifica solo en tres pasajeros de Tanzania, los científicos creen que se necesitan con urgencia más investigaciones para controlar su transmisión dentro y fuera del país de origen.

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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