Los nuevos linajes de SARS-CoV-2 continúan amenazando el control de la pandemia en Inglaterra, sugiere un estudio genómico


Si bien la propagación del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) se ha reducido en diferentes regiones, la aparición de variantes transmisibles ha llevado a un pico en el número de casos en abril de 2021. En el Reino Unido, un eficiente y el extenso programa de secuenciación genómica ha hecho posible monitorear el aumento de tales variantes.

Un nuevo estudio muestra el patrón de aumento de varias cepas en el Reino Unido, como lo demuestran los datos recopilados por el COVID-19 Genomics UK Consortium. Esto permite rastrear el ascenso y la caída de 62 linajes virales diferentes a través de más de 300 autoridades locales desde septiembre de 2020 hasta abril de 2021.

Los 323 linajes identificados durante el período de estudio, de los genomas secuenciados que cubren aproximadamente el 5% de todas las pruebas positivas, se clasificaron en 62 linajes, con cien o más genomas en cada linaje. Las excepciones fueron variantes de preocupación (VOC) o variantes bajo investigación (VUI).

Estudio: reconstrucción genómica de la epidemia de SARS-CoV-2 en Inglaterra desde septiembre de 2020 hasta mayo de 2021. Crédito de la imagen: Imilian / Shutterstock

Una versión preimpresa del estudio está disponible en el medRxiv* servidor, mientras que el artículo se somete a revisión por pares.

Linajes tempranos

En orden cronológico, la primera mutación de amplia difusión fue D614G, en el pico, que era un 20% más transmisible que el linaje original aislado en Wuhan, China. Un poco más tarde, la cepa B.1.177 se aisló en España y se introdujo en múltiples países europeos.

A esto le siguió la variante B.1.351 aislada por primera vez en Sudáfrica, que contiene tanto la mutación N501Y, que aumenta su transmisibilidad, como la mutación E484K que le permite evadir la inmunidad del huésped provocada por cepas anteriores.

Inglaterra vio dos olas con sus picos a principios de noviembre de 2020 y enero de 2021. Cada una provocó un bloqueo nacional.

Hasta septiembre de 2020, los principales linajes circulantes fueron B.1, B.1.1 y B.1.177, que componen de 100 a 1000 genomas cada uno, en diferentes regiones del sur y norte de Inglaterra. Estos fueron reemplazados constantemente por variantes B.1.1.7, que mostraron tasas de crecimiento hasta un 11% más altas en comparación con los linajes B.1 o B.1.1.

Los linajes B.1.177 también se expandieron más que las cepas B.1 hasta finales de enero de 2021, en el Reino Unido y en Dinamarca, ya que anteriormente se había extendido por toda Europa. Las razones están lejos de ser claras, ya que no se han informado infecciones importadas y la mutación de pico A222V que define no tiene una ventaja de crecimiento particular.

Aumento de B.1.1.7

En septiembre de 2020, Inglaterra vio el aumento del linaje B.1.1.7, reportado por primera vez en Kent durante noviembre y diciembre de 2020. Este linaje estuvo marcado por un aumento del 70% en la transmisibilidad de esta variante en relación con B.1.1 y un 45% aumento vs. B.1.177.

Por lo tanto, las secuencias B.1.1.7 aumentaron 20 veces por mes en comparación con B.1.1, y 10 veces más que B.1.177, lo que explica su dominio incluso cuando otras cepas mostraban una disminución durante el período del segundo Reino Unido. -cerrado completo.

Esto se explica por la alta transmisibilidad de la variante Kent o UK, a menudo atribuida a la mutación compartida N501Y, y rápidamente se convirtió en la variante más común en más de cien países.

Se observó que la prevalencia de B.1.1.7 disminuyó abruptamente durante el tercer bloqueo, durante los primeros meses del nuevo año, junto con la mayoría de las otras cepas circulantes. Este bloqueo fue precedido por crecientes restricciones regionales por niveles, ya que la cepa Kent causó un aumento constante de casos en toda Inglaterra.

Las restricciones del nivel 4 se asociaron con una caída del 25% al ​​50% en la proliferación viral en comparación con el nivel 3. En particular, el número de reproducción medio (R) fue tan bajo como 0,6 para los linajes que no son de Kent, frente a 0,9 para B.1.1. 7. Pero el valor R del virus siguió estando por encima de 1, aumentando a 1,6 en relación con agosto de 2020, con más variantes infecciosas asumiendo el control.

Esto indica que la pandemia siguió creciendo. Esto puede haber sido impulsado por las reuniones de Navidad y Año Nuevo.

Secuencia de vigilancia del SARS-CoV-2 en Inglaterra entre septiembre de 2020 y abril de 2021. a.  Pruebas positivas del pilar 2 para el SARS-CoV-2 en Inglaterra.  B.  Frecuencia relativa de 62 linajes PANGO diferentes, lo que representa aproximadamente el 5,3% de las pruebas mostradas en ac Pruebas positivas (fila superior) y la frecuencia de 4 linajes principales en 315 autoridades locales inglesas de nivel inferior.  D.  Frecuencia absoluta de genomas secuenciados mapeados en 62 linajes PANGO.  Las áreas azules en los gráficos circulares son proporcionales a la fracción de LTLA donde se observó un linaje determinado.

Secuencia de vigilancia del SARS-CoV-2 en Inglaterra entre septiembre de 2020 y abril de 2021. una. Pruebas positivas del pilar 2 para el SARS-CoV-2 en Inglaterra. B. Frecuencia relativa de 62 linajes PANGO diferentes, lo que representa aproximadamente el 5,3% de las pruebas mostradas en ac Pruebas positivas (fila superior) y la frecuencia de 4 linajes principales en 315 autoridades locales inglesas de nivel inferior. D. Frecuencia absoluta de genomas secuenciados mapeados en 62 linajes PANGO. Las áreas azules en los gráficos circulares son proporcionales a la fracción de LTLA donde se observó un linaje determinado.

Contracción de casos con el tercer encierro

El bloqueo posterior estuvo acompañado de lanzamientos de vacunas, lo que llevó a casi el 50% de inmunidad a principios de marzo de 2021 debido a una combinación de inmunidad natural y aumento de la vacunación. Los casos diarios cayeron de más de 72,000 el 29 de diciembre a 2,500 a principios de abril de 2021.

De los linajes circulantes en este momento, el 99% de los casos comprendía B.1.1.7, mientras que la cepa B.1.177, que era dominante en noviembre de 2020, se redujo de unos 10.000 casos por día en diciembre de 2020 a 5 en marzo de 2021. La El número de linajes en circulación cayó de 137 en el pico a solo 22.

Los investigadores escriben:

La conclusión de que la mayoría de los linajes presentes en el otoño de 2020 se eliminaron en la primavera de 2021 está respaldada además por el hecho de que la fracción de casos positivos que se secuenciaron ha aumentado de alrededor del 5% en el otoño de 2020 al 50%. en la semana que finaliza el 3 de abril de 2021. “

Aumento de los mutantes E484K

Desafortunadamente, varias variantes novedosas que contienen la mutación pico E484K resistieron anticuerpos neutralizantes provocada por las variantes anteriores y, por lo tanto, comenzó a notarse en niveles moderadamente crecientes entre diciembre y abril.

Mientras que los VOC y VUI representaron menos del medio por ciento de las infecciones secuenciadas con fines de monitoreo de enero a abril de 2021, esto cambió cuando B.1.617.2 comenzó a aumentar junto con los otros linajes E484K. Sin embargo, estos pronto alcanzaron su punto máximo y disminuyeron, causando brotes principalmente localizados.

Estos incluyen la cepa P.1 reportada primero en Brasil, la cepa A.23.1 que causó subepidemias en Uganda y Ruanda, y B.1.525 de Nigeria, el Reino Unido y América del Norte. La cepa B.1.1.318 también prevaleció en el Reino Unido, así como en los EE. UU. Y Alemania.

Estos pueden no ser más infecciosos que la cepa B.1.1.7. La mayoría se debe a infecciones importadas repetidas más que a una verdadera propagación comunitaria, lo que indica que son menos transmisibles incluso de lo que sugieren las tasas de crecimiento. La excepción es una cepa A.23.1 que adquirió la mutación de evasión inmune E484K en el país.

Estas cepas no solo poseían solo la mutación E484K sin otras variantes funcionalmente importantes, sino que no mostraron ninguna ventaja de crecimiento, sino que lo contrario parece ser cierto.

Entrada de linajes B.1.617

La última introducción conocida es de B.1.617 (en marzo) y B.1.617.2, que ha aumentado a aproximadamente el 40% de los genomas secuenciados después de su introducción en abril de 2021. La primera ha provocado una segunda ola catastrófica en la India.

B.1.617 carece de la mutación E484K. B.1.617.1 tiene una mutación E484Q que es funcionalmente similar a la variante de pico E484K que evade la inmunidad.

B.1.617.2 muestra una tasa de crecimiento que es aproximadamente un 37% más alta que B.1.17, lo que indica que son más transmisibles o escapan a las respuestas inmunitarias; o que se introdujo un número muy elevado de casos en un período breve.

Otro factor podría ser la presencia de un ambiente favorable en las localidades donde estas cepas aumentaron más rápidamente. Esto significa que con el tiempo, la tasa de crecimiento puede disminuir.

Y, por último, el aumento de B.1.617.2 (que ahora representa el 40% de las secuencias) se contrarresta con la caída de los casos B.1.1.7. Sin embargo, B.1.617.1 no mostró un aumento tan rápido, con 3-4 genomas secuenciados para cada introducción frente a 10 con la cepa anterior.

¿Cuál es la implicación?

Estos datos ofrecen “Un claro recordatorio de que la evolución viral puede tomar caminos inesperados y que la vigilancia genómica rápida sigue siendo tan importante como siempre.. ” Además, nos recuerda que incluso las intervenciones que funcionaron una vez pueden no ser tan efectivas con variantes más nuevas y más infecciosas.

Es poco probable que la erradicación mundial sea posible al menos a corto o medio plazo. Por lo tanto, una perspectiva global sobre el control y la vigilancia del virus es esencial.”, Concluyen los investigadores.

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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