Nueva variante de coronavirus con mutación E484K detectada en Arizona


Arizona se une a la lista cada vez mayor de estados estadounidenses que albergan una variante del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Un estudio dirigido por Efrem S. Lim de la Universidad Estatal de Arizona confirma la evidencia de B.1.243.1 con una mutación E484K en el proteína de pico.

La mutación E484K es preocupante por su capacidad para escapar de la respuesta inmune y reducir el poder neutralizante de los anticuerpos monoclonales. Sus resultados muestran que la variante se está extendiendo en Arizona y está comenzando a cruzar las fronteras estatales hacia Nuevo México y Texas.

B.1.427 y B.1.429 se notificaron por primera vez en California, y un trabajo reciente ha demostrado la aparición de las variantes B.1.525 y B.1.526 en Nueva York. Esto se suma a otras variantes de coronavirus circulantes que se detectaron por primera vez en Brasil, el Reino Unido y Sudáfrica.

Los investigadores escriben:

“Con base en el perfil de mutación, la introducción regional y la evidencia filogenética, recomendamos el monitoreo atento de B.1.243.1 como una variante de interés potencial. Este estudio demuestra la necesidad de una vigilancia genómica sostenida en las estrategias y respuestas de salud pública”.

El estudio “Emergencia de una variante de interés del SARS-CoV-2 E484K en Arizona” está disponible como una versión preliminar en el medRxiv* servidor, mientras que el artículo se somete a revisión por pares.

Estudio: Aparición de una variante de interés del SARS-CoV-2 E484K en Arizona.  Crédito de la imagen: NIAID

Rastreando variantes virales

El equipo recolectó muestras de saliva de varios condados de Arizona que dieron positivo para SARs-CoV-2. Extrajeron ARN de 688 muestras y realizaron una vigilancia genómica para buscar variantes. Aproximadamente el 92,7% de los genomas se secuenciaron con éxito, donde el 7,7% tenía la variante B.1.1.7, el 33,5% tenía la variante B.1.427 / 429 y el 0,9% tenía la variante P.2. Una limitación significativa en el estudio es que no secuenciaron la muestra completa ya que la mayoría de los genomas tenían cargas virales bajas con CT altos en los 30s.

Hubo un total de 7 genomas con la variante B.1.243 y una mutación E484K. Esta nueva variante tenía otras 11 mutaciones únicas separadas de las mutaciones observadas en el linaje B.1.243 original con la mutación D614G. Esto incluyó V213G y E484K en la proteína de pico, una deleción de 9 nt en ORF1ab y una inserción de 3 nt en la región intergénica no codificante cadena arriba del gen N, así como otras sustituciones.

Basándose en el perfil mutacional, los investigadores dieron a esta variante que albergaba E484K el nombre provisional de B.1.243.1.

Aparición de E484K que alberga la variante B.1.243.1 en Arizona, EE. UU.  (A) B.1.243.1 Las mutaciones que definen el linaje se muestran en el genoma del SARS-CoV-2.  Las mutaciones se muestran en referencia a la posición del genoma de SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2).  (B) Prevalencia global del linaje parental B.1.243 desde noviembre de 2021 hasta marzo de 2021. Se muestra el número mensual de casos de B.1.243 (arriba) y la distribución por país (abajo).  La frecuencia media de cada país se muestra entre paréntesis.  Las secuencias de marzo están subestimadas en el momento de este informe (indicado por una línea discontinua).  (C) B.1.243.1 notificación de incidencia de casos de febrero a marzo de 2021. La incidencia acumulada de casos se representa como un gráfico de líneas.

Aparición de E484K que alberga la variante B.1.243.1 en Arizona, EE. UU. (A) B.1.243.1 Las mutaciones que definen el linaje se muestran en el genoma del SARS-CoV-2. Las mutaciones se muestran en referencia a la posición del genoma de SARS-CoV-2 Wuhan-1 (NC_045512.2). (B) Prevalencia global del linaje parental B.1.243 desde noviembre de 2021 hasta marzo de 2021. Se muestra el número mensual de casos de B.1.243 (arriba) y la distribución por país (abajo). La frecuencia media de cada país se muestra entre paréntesis. Las secuencias de marzo están subestimadas en el momento de este informe (indicado por una línea discontinua). (C) B.1.243.1 notificación de incidencia de casos de febrero a marzo de 2021. La incidencia acumulada de casos se representa como un gráfico de líneas.

B.1.243 variante cruza fronteras estatales

Utilizando la base de datos pública GISAID, los investigadores observaron la distribución geoespacial de esta nueva variante. Encontraron la variante B.1.243 y la mutación E484K ha surgido recientemente en Arizona, y 15 de los 17 casos secuenciados ocurrieron del 1 de febrero al 2 de marzo.

Un caso de la variante B.1.243 y la mutación E484K se informó en Houston, Texas, el 24 de febrero y otro más recientemente en Nuevo México, lo que sugiere que la variante no está contenida en Arizona.

También hubo dos casos en los que los linajes B.1.243 alcanzaron independientemente la mutación E484K. Aunque, esta variante carecía de las 11 mutaciones observadas en la nueva variante y parecían ser eventos de transmisión sin salida.

Los investigadores rastrearon la variante hasta un clado monofilético dentro del clado 20A / B.1.243. Y la ramificación continua de la variante indica que el linaje continúa diversificándose. “Esto sugiere que B.1.243.1 se está estableciendo en circulación dentro de Arizona. Por el contrario, los dos casos B.1.243 que llevan la mutación E484K sola eran filogenéticamente distintos del clado B.1.243.1, lo que respalda que habían evolucionado de forma independiente, “escribe el equipo de investigación.

Mirando hacia el futuro

Si bien la variante está comenzando a trasladarse a otros estados, las acciones humanas como la decisión de usar una máscara y el distanciamiento social, y las medidas de política pública pueden influir en la tasa de transmisión. Sugieren que el rastreo de contactos y el aumento de la vigilancia genómica son necesarios para medir el verdadero alcance del riesgo de propagar esta variante potencial de interés.

“La evidencia genómica, epidemiológica y filogenética indica que la variante de interés B.1.243.1 está lista para emerger. Estos hallazgos demuestran la necesidad crítica de continuar rastreando el SARS-CoV-2 en tiempo real para informar las estrategias de salud pública, diagnósticos, contramedidas y vacunas “.

Noticia importante

* medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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