Secuencia genómica del evento “superpropagador” de la Casa Blanca

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La pandemia de la enfermedad por coronavirus (COVID-19) está lejos de terminar. Se ha extendido por todo el mundo, infectando a más de 46,5 millones de personas.

En octubre de 2020, se informó de un brote de al menos 50 casos de COVID-19 que rodeaban a personas empleadas o que visitaban la Casa Blanca.

Ha habido más de 9.2 millones de casos confirmados solo en los Estados Unidos, y se informan más de 230,000 muertes. COVID-19 se ha asociado repetidamente con brotes localizados que rodean entornos sociales como bodas y bares, así como en lugares de trabajo, incluidos los llamados eventos “superpreaders”.

El presidente Donald J. Trump anuncia a la jueza Amy Coney Barrett como su candidata para juez adjunto de la Corte Suprema de los Estados Unidos el sábado 26 de septiembre de 2020 en el Jardín de las Rosas de la Casa Blanca.  (Adaptado de la foto oficial de la Casa Blanca por Amy Rossetti)

El presidente Donald J. Trump anuncia a la jueza Amy Coney Barrett como su candidata para juez adjunto de la Corte Suprema de los Estados Unidos el sábado 26 de septiembre de 2020 en el Jardín de las Rosas de la Casa Blanca. (Adaptado de la foto oficial de la Casa Blanca por Amy Rossetti)

Numerosas personas de alto perfil se infectaron con el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), incluido el presidente Donald Trump, quien estuvo hospitalizado durante tres días. El evento ha sido etiquetado como la crisis de salud más significativa para un presidente en casi cuatro décadas. Trump se ha recuperado desde entonces; sin embargo, quedan algunas preguntas: ¿de dónde vino el virus, cuándo llegó a la Casa Blanca y cómo se propagó?

Ahora, un nuevo estudio reveló la firma genética del SARS-CoV-2 que se propagó en la Casa Blanca y probablemente infectó al presidente Trump. El equipo aplicó la epidemiología genómica para arrojar luz sobre los orígenes del brote.

Filogenia de 38 virus del SARS-CoV-2 que son linajes hermanos de WH1 y WH2 o directamente ancestrales en la filogenia de máxima probabilidad global.  Se muestran tanto (A) filogenia con longitudes de rama escaladas por el número de mutaciones del genoma de referencia de Wuhan como (B) filogenia resuelta temporalmente con longitudes de rama estimadas según un análisis de reloj molecular.  Ambos paneles están coloreados según el estado del muestreo para las muestras de EE. UU. O de color gris si las muestras son de fuera de EE. UU.  Una versión interactiva de esta figura está disponible en nextstrain.org/community/blab/ncov-wh/lineage

Filogenia de 38 virus del SARS-CoV-2 que son linajes hermanos de WH1 y WH2 o directamente ancestrales en la filogenia de máxima probabilidad global. Se muestran tanto (A) filogenia con longitudes de rama escaladas por el número de mutaciones del genoma de referencia de Wuhan como (B) filogenia resuelta temporalmente con longitudes de rama estimadas según un análisis de reloj molecular. Ambos paneles están coloreados según el estado del muestreo para las muestras de EE. UU. O de color gris si las muestras son de fuera de EE. UU. Una versión interactiva de esta figura está disponible en nextstrain.org/community/blab/ncov-wh/lineage

El brote de la Casa Blanca

A las 12:54 am EDT del 2 de octubre de 2020, el presidente Trump dio positivo en la prueba de infección por SARS-CoV-2 y fue hospitalizado en el Centro Médico Militar Nacional Walter Reed en Bethesda, Maryland. Sin embargo, pocos días después, fue dado de alta y se le permitió regresar a la Casa Blanca. El lugar donde Trump contrajo el virus sigue siendo un misterio. Aún así, gran parte de la atención se centró en un evento del 26 de septiembre en el Rose Garden, donde el presidente anunció su nominación de la jueza Amy Coney Barrett para la vacante en la Corte Suprema.

El evento, que tuvo al menos una docena de invitados, ha sido calificado como un evento de gran difusión. Además, comenzaron los debates sobre si la Casa Blanca ha hecho lo suficiente para rastrear a los invitados y sus contactos.

Para el 7 de octubre, el memorando de la Agencia Federal para el Manejo de Emergencias reveló que 34 miembros del personal de la Casa Blanca, amas de llaves y otros contactos habían contraído el virus. Entre los contactos del presidente, la Primera Dama, Melania Trump, un almirante de la Marina y algunos asistentes de campaña dieron positivo.

Se informaron al menos 50 casos de COVID-19 en torno a personas empleadas o que visitaban la Casa Blanca antes del 30 de octubre.

El estudio

Los investigadores del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson y la Universidad de Washington querían determinar el genoma viral y la firma genética del virus propagado en la Casa Blanca.

Debido a los largos períodos de incubación y al amplio rango de gravedad de la enfermedad, y algunas personas no desarrollan síntomas, el rastreo de contactos para la propagación de COVID-19 es difícil. Sin embargo, la secuenciación genética del virus SARS-CoV-2 proporciona un método alternativo para investigar su transmisión y propagación.

La tecnología ayuda a determinar las relaciones genéticas entre muestras secuenciadas. Estas secuencias ayudan a hacer suposiciones sobre cómo se relacionan las infecciones. Dado que el coronavirus muta aproximadamente cada dos semanas en una cadena de transmisión, es posible utilizar patrones de mutaciones compartidas para proporcionar una mejor comprensión de los orígenes del brote en la Casa Blanca.

Para llegar a los hallazgos del estudio, que aparecieron en el diario preimpreso medRxiv*, los investigadores aplicaron la epidemiología genética para explorar los orígenes del brote.

El equipo inscribió a dos personas con exposiciones relacionadas con el brote de COVID-19 en la Casa Blanca y ordenó sus infecciones mediante la recolección de hisopos nasales. Los dos participantes del estudio, a los que se hace referencia como WH1 y WH2, no estaban en contacto directo entre sí antes de sus diagnósticos de COVID-19.

Los investigadores revelaron las relaciones genéticas del SARS-CoV-2 entre WH1 y WH2. Utilizaron una captura híbrida o una metagenómica de escopeta, lo que resultó en una profundidad de cobertura promedio de 550X de WH1, obteniendo un genoma de consenso de 29,857 bases resueltas. También contiene 14 mutaciones relativas a la cepa original de la ciudad de Wuhan en China, la Wuhan / Hu-1/2019 (241T, 1059T, 1977G, 3037T, 7936T, 14250T, 14408T, 16260T, 18417C, 19524T, 20402T, 23403G, 25563T , 28821A).

Mientras tanto, el WH2 produjo un genoma parcial con una cobertura media 50X y 2.643 bases resueltas. Dado que WH2 es un genoma parcial, el equipo quería caracterizar la coincidencia genética entre WH1 y WH2.

De los 14 sitios que diferencian WH2 de la referencia, cinco de estos sitios tenían cobertura de lectura en WH2. Por lo tanto, las mutaciones colocan a WH1 y WH2 dentro de la diversidad genética circulante en los Estados Unidos.

Al comparar WH1 y WH2 con todas las secuencias en todo el país, encontraron que los virus descendían de muestras de virus en los EE. UU., En particular en Florida, Nueva York, Texas, Connecticut y Washington, y también de otros países como Canadá y Nueva York. Zelanda. Además, comparten características con algunas mutaciones, como A1977G, G7936T, G14250T, T18417C, C19524T y C20402T.

“Estas observaciones sugieren una cadena de transmisión que conduce a WH1 y WH2 de los virus que circulan en los EE. UU. En marzo y abril que recopilan 5 mutaciones adicionales durante estos 6 meses de circulación, de acuerdo con la tasa general observada de evolución molecular del SARS-CoV-2. “, explicó el equipo.

El equipo concluyó que, dada su similitud genética, WH1 y WH2 están estrechamente relacionados. Dado que estos pacientes dijeron que no tenían contacto directo entre sí, estuvieron expuestos a eventos relacionados con el brote en la Casa Blanca.

“Creemos que una conexión epidemiológica compartida a través del brote de COVID-19 en la Casa Blanca es la explicación más parsimoniosa de la similitud genética de sus infecciones”, agregó el equipo.

El linaje WH determinado en el estudio fue responsable de las otras infecciones en la Casa Blanca. El equipo dijo que, aunque saben que estos casos están conectados, no están seguros de si la cepa del virus ha estado circulando más ampliamente en el área de DC. Por lo tanto, el equipo sugiere una secuenciación genética más amplia, incluidos otros casos en la Casa Blanca.

Fuente:

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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