Un estudio encuentra asociaciones genéticas protectoras con COVID-19 leve


Utilizando datos de encuestas autoinformados, los investigadores han definido ocho fenotipos asociados con los resultados de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). El análisis de los datos reveló posibles asociaciones genéticas protectoras.

Estudio: las nuevas definiciones del fenotipo de COVID-19 revelan patrones fenotípicamente distintos de asociación genética y efectos protectores.  Haber de imagen: Sashkin / Shutterstock

Varios estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) de COVID-19 han identificado asociaciones genéticas que sugieren que la susceptibilidad y el riesgo de infección por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pueden ser hereditarios.

Sin embargo, la mayoría de estos estudios se realizaron en pacientes hospitalarios, lo que puede conducir a un sesgo hacia resultados graves de la enfermedad.

Para eludir esto e identificar rasgos o fenotipos que pueden predecir los resultados de COVID-19, los investigadores de AncestryDNA utilizaron una encuesta de sus clientes que evaluó la exposición de los pacientes, los factores de riesgo, los síntomas y la demografía, la mayoría de los cuales tenían una enfermedad leve.

El equipo recopiló datos autoinformados utilizando una plataforma de encuestas disponible para los clientes de AncestryDNA e informó sus resultados en el medRxiv* servidor de preimpresión.

Utilizando más de 700.000 resultados de encuestas recopilados entre abril y agosto de 2020, el equipo definió ocho fenotipos para estudiar más a fondo. Cuatro de ellos eran similares a los fenotipos de susceptibilidad utilizados en estudios anteriores y cuatro eran nuevos.

El equipo planteó la hipótesis de que los rasgos que se centran en los síntomas leves pueden ayudar mejor a identificar asociaciones genéticas protectoras.

Asociaciones genéticas para COVID-19 leve

Para ayudar a identificar los fenotipos de susceptibilidad a la infección, los autores definieron dos nuevos fenotipos que se centraron en los encuestados que estuvieron expuestos al virus dentro de los hogares, comparando a las personas que resultaron negativas pero cuyos miembros del hogar dieron positivo en la prueba con una población de control.

Los otros dos fenotipos compararon pacientes sintomáticos con leves o asintomáticos y pacientes asintomáticos y gravemente enfermos.

Utilizando 13 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) independientes que mostraron importancia en todo el genoma en dos estudios recientes, el equipo investigó su asociación con los ocho fenotipos que el equipo identificó.

La ascendencia de la población analizada incluyó un 73 por ciento de europeos, un 6 por ciento de amerindios y un 3 por ciento de africanos europeos.

10 de los 13 SNP se encontraron en al menos uno de los ocho fenotipos, lo que indica que los resultados autoinformados son similares con las asociaciones encontradas en los fenotipos clínicos.

Encontraron tres señales de replicación de locus independientes en el cromosoma 3 cerca de los genes LZTFL1 y SLC6A20, que están relacionados con la inmunidad.

El SNP rs35081325 identificado previamente se asoció con la gravedad de los fenotipos, lo que sugiere un mayor riesgo de gravedad de la infección, mientras que rs73062389 se asoció con los fenotipos de susceptibilidad y no con ninguno de los fenotipos de grupo de gravedad.

Encontraron que el tercer SNP rs2531743 estaba asociado con dos fenotipos e indicaba un efecto protector.

Por tanto, las señales en el cromosoma 3 están asociadas con diferentes conjuntos de fenotipos. Esto sugiere que las variaciones en esta región alteran muchos aspectos de la gravedad y susceptibilidad de la enfermedad.

Los estudios también han demostrado asociaciones cercanas al gen ABO, que determina el tipo de sangre. El ABO SNP rs505922 se observó en los cuatro fenotipos de susceptibilidad y en un fenotipo de gravedad.

Asociaciones genéticas protectoras

A continuación, los autores realizaron un descubrimiento de GWAS para los ocho fenotipos para identificar nuevas asociaciones de locus y fenotipo. Aunque ningún fenotipo alcanzó un alto nivel de asociación, el equipo analizó asociaciones que alcanzaron niveles sugerentes.

Se encontró que los alelos menores asociados con tres nuevos fenotipos definidos en el estudio casi siempre estaban asociados con un efecto protector. Esto contrasta con otros estudios en los que los alelos menores se asociaron con riesgo.

Las definiciones de fenotipo que se basan en síntomas leves o en ausencia de síntomas, incluso con una exposición intensa, pueden ser mejores para identificar asociaciones genéticas protectoras.

También se encontró que las tasas de replicación entre los 297 pares de asociación fenotipo-locus eran generalmente bajas y había una correlación baja entre las tres poblaciones utilizadas para su análisis. Es posible que esto se deba a que las cohortes de replicación tenían poca potencia o las asociaciones sugerentes eran falsas positivas.

Sin embargo, dos fenotipos, uno asociado con la gravedad y otro con la susceptibilidad, mostraron una correlación positiva, lo que sugiere que podrían dar asociaciones reproducibles con un tamaño de muestra mayor.

El equipo descubrió que la asociación del SNP rs55673936 con la hospitalización o no de un paciente era reproducible en dos poblaciones independientes. Se informó anteriormente que este SNP en el cromosoma 11 en el gen GALNT18 estaba asociado con una mayor respuesta a Tocilizumab, un anticuerpo monoclonal bloqueador de IL-6.

El estudio proporciona un análisis complementario a los estudios centrados en enfermedades graves, lo que es prometedor para encontrar nuevas asociaciones genéticas, en particular aquellas que brindan protección contra el virus.

*Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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