Variante del SARS-CoV-2 B.1.1.345 que porta la mutación E484K detectada en Nueva York


A medida que se lanzan vacunas contra el coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el virus que está detrás de la pandemia de la enfermedad por coronavirus (COVID-19), nuevas variantes del virus amenazan la vacuna. eficacia.

En el último trimestre de 2020, surgieron variantes, a saber, las variantes B.1.1.7 y B.1.351, en el Reino Unido y Sudáfrica, respectivamente. En enero de 2021, una nueva variante, llamada P.1. variante, surgida en viajeros de Brasil. Recientemente, India informa otra variante que ha provocado que sus casos se disparen, llamada variante B.1.617.

Ahora, investigadores de la Unidad de Enfermedades Infecciosas del Hospital General de Rochester en Nueva York, informan una variante del SARS-CoV-2 B.1.1.345 que lleva la mutación E484K en cuatro pacientes sin asociaciones epidemiológicas aparentes en una red hospitalaria en el estado de Nueva York.

El informe, publicado en la revista Enfermedades infecciosas clínicas, reveló que la variante detectada se ha estado extendiendo a un ritmo alarmante desde noviembre. Para febrero de 2021, representaba el 12,3 por ciento de todos los casos en el área.

Variantes en los Estados Unidos

Estados Unidos reporta el mayor número de casos de COVID-19, superando los 33,38 millones. En los últimos meses, el país ha detectado nuevas variantes del SARS-CoV-2, con 8.337 casos con la variante B.1.1.7 identificados en 51 jurisdicciones, 266 casos con la variante B.1.351 y 79 casos con la P.1 variante.

Los científicos también han identificado varias variantes regionales, incluido el linaje B.1.2 que lleva la mutación Q677P en Nuevo México y Luisiana y el linaje 20C-US en el Medio Oeste. Sin embargo, estas variantes carecen de las mutaciones E484K y N501Y responsables de hacer que el virus se propague más rápido y evite el sistema inmunológico.

Recientemente, los científicos han detectado y descrito la variante B.1.536 en Nueva York, que porta la mutación E484K. Esta mutación no es una nueva variante en sí misma, sino una mutación que ocurre en diferentes variantes. La mutación se encuentra en el proteína de pico y parece afectar la respuesta inmune del cuerpo y la eficacia de la vacuna.

Al igual que en estudios anteriores sobre variantes que portan la mutación E484K, la neutralización de anticuerpos por los anticuerpos se altera o detiene. Además, las actividades neutralizadoras de plasma de convalecencia o la sangre después de la vacunación fueron 7,7 y 3,4 veces inferiores, respectivamente.

Aparición de la mutación E484K en B.1.1.345 aislados de SARS-CoV-2 del norte del estado de Nueva York.  (A) Filogenia global a escala temporal de 3.960 genomas de SARS-CoV-2 muestreados entre diciembre de 2019 y marzo de 2021 (modificado del panel de Nextstrain (https://nextstrain.org)).  Una tabla completa de agradecimientos por los datos incluidos en esta filogenia está disponible en el suplemento (Tabla S3).  Se indican los principales clados (nomenclatura de Nextstrain), variantes (literatura) y linajes (Pangolin).  Las cepas se colorean según la presencia de ácido glutámico (E, verde azulado) o lisina (K, 243 naranja) en la posición 484 de la proteína de la espiga.  (B) Filograma sin raíz basado en SNP de las variantes B.1.1.345, B.1.1.486, B.1.1 y B.1.1.6 (sombreado de color) recopilado en el estado de Nueva York entre octubre de 2020 y marzo de 2021 (n = 129).  Los círculos vacíos indican cepas con ácido glutámico (E) en el residuo 484 de la proteína de pico, mientras que los círculos llenos indican aquellas con lisina (K) en esa posición.  Los genomas obtenidos de GISAID (www.gisaid.org) (Tabla S1 y S2) se muestran con un círculo rojo.  Los genomas descritos recientemente en este informe se muestran en azul (tenga en cuenta que solo cuatro de los cinco círculos son visibles ya que dos muestras de un solo paciente eran idénticas).  (C) Filogenia de máxima verosimilitud enraizada en el punto medio, basada en SNP de dieciséis cepas monofiléticas B.1.1.345 que llevan la mutación E484K.  Tanto el comparador (Tabla S2) como los aislados recién secuenciados (fuente en negrita) están etiquetados con su ID de acceso a GISAID.  Si se conoce, se indica el condado (etiqueta de color) y la fecha de recolección (círculo de color).  Para ambos paneles B y C, el número de SNP que separan cada cepa se puede inferir de la escala respectiva.  (D) Mapa de la región de Finger Lakes que indica el origen de catorce cepas B.1.1.345 que llevan la mutación E484K (el condado de origen no estaba disponible para 1 aislado y el otro es una muestra duplicada de un paciente).  Se proporciona un mapa insertado de todo el estado de Nueva York y ciudades emblemáticas para el contexto geográfico.

La aparición de la mutación E484K en B.1.1.345 aislados de SARS-CoV-2 del norte del estado de Nueva York. (A) Filogenia global a escala temporal de 3.960 genomas de SARS-CoV-2 muestreados entre diciembre de 2019 y marzo de 2021 (modificado de Nextstrain (https://nextstrain.org) tablero). Se indican los principales clados (nomenclatura de Nextstrain), variantes (literatura) y linajes (Pangolin). Las cepas se colorean según la presencia de ácido glutámico (E, verde azulado) o lisina (K, 243 naranja) en la posición 484 de la proteína de la espiga. (B) Filograma sin raíz basado en SNP de las variantes B.1.1.345, B.1.1.486, B.1.1 y B.1.1.6 (sombreado de color) recopilado en el estado de Nueva York entre octubre de 2020 y marzo de 2021 (n = 129). Los círculos vacíos indican cepas con ácido glutámico (E) en el residuo 484 de la proteína de pico, mientras que los círculos llenos indican aquellas con lisina (K) en esa posición. Genomas obtenidos de GISAID (www.gisaid.org) Los genomas descritos recientemente en este informe se muestran en azul (tenga en cuenta que solo cuatro de los cinco círculos son visibles ya que dos muestras de un solo paciente eran idénticas). (C) Filogenia de máxima verosimilitud enraizada en el punto medio, basada en SNP, de dieciséis cepas monofiléticas B.1.1.345 que llevan la mutación E484K. Tanto el comparador como los aislados recién secuenciados (fuente en negrita) están etiquetados con su ID de acceso de GISAID. Si se conoce, se indica el condado (etiqueta de color) y la fecha de recolección (círculo de color). Para ambos paneles B y C, el número de SNP que separan cada cepa se puede inferir de la escala respectiva. (D) Mapa de la región de Finger Lakes que indica el origen de catorce cepas B.1.1.345 que llevan la mutación E484K (el condado de origen no estaba disponible para 1 aislado y el otro es una muestra duplicada de un paciente). Se proporciona un mapa insertado de todo el estado de Nueva York y ciudades emblemáticas para el contexto geográfico.

Los hallazgos demuestran el alarmante aumento de esta nueva mutación, que se ha encontrado en 122 de 1.242 linajes activos. Cuando esta mutación se vuelve desenfrenada en muchos países, puede amenazar los esfuerzos actuales de vacunación para frenar la pandemia.

En junio de 2020 se inició un estudio piloto entre la Red de Repositorio y Vigilancia de Organismos Multirresistentes (MRSN) y el Sistema de Salud Regional de Rochester. Los investigadores extrajeron ARN de hisopos nasofaríngeos positivos para SARS-CoV-2 y lo transfirieron al MRSN para su secuenciación.

En las 20 muestras más recientes recolectadas de 19 hospitales entre el 27 de enero y el 7 de febrero de 2021, se detectó la mutación E484K en cinco muestras recolectadas de cuatro pacientes. Tres de estos pacientes desarrollaron una enfermedad leve sin tratamientos específicos anti-SARS-CoV-2. Un paciente recibió dos tratamientos, Remdesivir y Dexametasona, pero no requirió cuidados intensivos ni intubación.

Todos los pacientes vivían en instalaciones de vida asistida separadas sin conexiones conocidas, y el cuarto paciente vivía en una casa.

Los investigadores también realizaron una comparación basada en el polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) de alta resolución del genoma completo para comprender mejor la correlación entre las 16 muestras B.1.1.345. Descubrieron que de las cinco muestras, dos del mismo paciente eran genéticamente idénticas y las tres muestras restantes estaban separadas por 1-1-4 SNP.

Se recolectaron alrededor de 90 muestras de Nueva York y países adyacentes, y el resto se recolectaron en los estados de Nueva York. Una muestra recogida el 18 de febrero portaba la mutación E484K, lo que indica que la mutación ha surgido de forma independiente en B.1.1.486 en Nueva York.

Es importante determinar cómo afecta la mutación E484K a la protección de la vacuna contra la variante B.1.1.345 que carece de las otras mutaciones observadas en las cepas B.1.351 y P1.

“A medida que el despliegue de la vacuna se acelera en los Estados Unidos, se deben emplear todos los medios necesarios para identificar rápidamente la aparición de variantes preocupantes y se deben tomar medidas inmediatas para limitar su propagación”, enfatizaron los investigadores.

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